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[GROMACS] 请问怎么在模拟中约束质心

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请问各位gromacs大神,如何在gromacs模拟过程中如何实现固定蛋白质的质心,但不限制蛋白的形变。谢谢!

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发表于 Post on 2017-12-22 20:13:25 | 只看该作者 Only view this author
comm-grps  = protein
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-22 21:59:33 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师的解答。 但是我是在Pull的过程中需要限制一个蛋白的质心,而pull另一个蛋白。这个关键词可以这样用吗。我尝试了一下,出现以下错误:
WARNING 1 [file grompp_pull.mdp]:
  Some atoms are not part of any center of mass motion removal group.
  This may lead to artifacts.
  In most cases one should use one group for the whole system.

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发表于 Post on 2017-12-23 01:34:48 | 只看该作者 Only view this author
可以这么用
那个warning不用管
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-23 10:44:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-23 01:34
可以这么用
那个warning不用管

好的,谢谢sob老师。 如果我想限制蛋白组内原子的相对位置,但是不限定蛋白的平动和转动,应该怎么设置呢。

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发表于 Post on 2017-12-23 16:54:53 | 只看该作者 Only view this author
alystone 发表于 2017-12-23 10:44
好的,谢谢sob老师。 如果我想限制蛋白组内原子的相对位置,但是不限定蛋白的平动和转动,应该怎么设置呢 ...

增加[distance_restraint]
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-23 20:48:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-23 16:54
增加[distance_restraint]

谢谢sob老师。

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