求助 : protein-dna interaction contact map 問題請教

xroxzero

各位老師好

我在做 protein&DNA interaction  的模擬研究，我想在VMD裡，用軌跡檔來做protein-DNA 的 contact map ，

但是VMD的contact map 一直無法做出protein-DNA 的contact map，可是可以做出protein-protein的contact map，

不知道各位老師在做protein-DNA contact map 時，是怎麼使用的呢?  還是各位老師有使用其他軟體做為輔助?



感謝各位老師!

sobereva

具体指哪个contact map？两个选取的片段间的接触面？某个选区内部的残基接触关系图？最好说明你当前用的步骤，用的哪个插件。

xroxzero

我用VMD，選擇Extensions --> Analysis --> Contact Map , 接著在 molecule A 選擇了 protein的pdb，在molecule B 選擇了DNA的PDB，按下fit all ，

此時右邊的圖只有Y軸出現protein的residue 名稱，X軸沒出現任何東西，之後按下Calculate --> Calc. res-res Dists，一樣沒有任何圖出來，

然而我很確定此protein & DNA 是一定互相有interaction的，這是我遇到的第一個問題

第二個問題是，經過多次比較之後，我發現，讀取的pdb檔如果有複數張frames的話，contact map 只會針對最後一張來做計算，並不會計算所有的frames來做平均， 有什麼其他的軟件是可以使用trajectory 來做contact map 的呢?

sobereva

那个工具只能考察蛋白质。核酸不行
你可以用gmx mdmat来绘制这种图。对于轨迹，给出的是平均距离矩阵。