单晶结构疑问

万卷书万里路

计算分子长度，想把计算结果与测得的单晶结构比较，看一下差别。（测量分子长度时不包含H原子和C-H键，因为测单晶得到的氢原子的位置是不准的）
在测得单晶结构中发现有几种，
     
一种称为A类吧，就是我用程序一打开.cif文件，呈现的是两个分子，然后再在各个轴上扩展得到周期性排布信息；另一类，B分子，一打开看到的是一个分子，后续也可以扩展到周期性结构。我在量取这些分子的长度的时候发现，A分子在扩展之前是两个分子嘛，我量了一下两个分子的键长键角二面角，都不一样，分子长度也不一样，所以，那接下来沿各个方向扩展成的晶体结构其实是两种分子的周期性排列吧。
我之前的认识一直是单晶结构里周期性排列的那些分子的结构信息都是等价的，以为是一个分子无限复制在不同位置得到的，就是B分子这一类。
但是现在遇到了几个这种单晶结构，一打开，默认的最小单元下就有两个及2个以上的分子，请问，这种是解的单晶数据有问题吗，还是说就是这样，这只是误差？（误差的话感觉有点大啊）如果数据没问题，那为什么会出现同分子的晶胞里有不一样大小的分子？

ChrisZheng

有可能是空间群指定的不对，也就是解的不对；还有一种可能是结构就是这个样子的，一个最小单元里面有两个差不多的分子。

liyuanhe211

描述比较绕，没get到到底想问什么。

你第一张图上两个数据的差异并不很大，横跨了11根键，且这个距离数值还受到这11根键之间的键角和二面角的影响，误差积累了这么远才相差了千分之2，完全可以接受。一般计算的精度不会达到这么高，而且你可能是计算气相（溶液相）分子的几何结构，光晶体与气相/溶液相在模型上的差别也大于千分之二了。

再就是实验上的问题，晶体长的不好、衍射测得不好的时候，实际上并不严格满足平移对称性及由他得出的各种推论，所以可以设想每个晶胞之间有一定差异。此时把原有晶胞延伸开一个单位、相当于近似增加了一倍的拟合参数，当然可以更好的向测得的衍射拟合，不过这不一定有意义（例如一共9个数据点拿8阶多项式拟合，当然比4阶好了）。

万卷书万里路

ChrisZheng 发表于 2017-8-24 21:39
有可能是空间群指定的不对，也就是解的不对；还有一种可能是结构就是这个样子的，一个最小单元里面有两个差 ...

嗯，我感觉是解的问题，再查查看，谢谢~

万卷书万里路

liyuanhe211 发表于 2017-8-25 03:17
描述比较绕，没get到到底想问什么。

你第一张图上两个数据的差异并不很大，横跨了11根键，且这个距离数 ...

其实横跨那么多键是想表示分子的长度差的大，因为我量了上下两个分子的键长是不同的，键角也是不同的，没有一一标出来。
想问的已经从您的回复里找到了，谢谢！