antechamber建模出错

gchen001

各位好，

我在采用Antechamber对3-glucoside of malvidin这种锦葵色素-3-β-葡糖苷进行建模时，第一步检查atom connectivity即出错。因为第七号氧原子是 -C-O+=C 形态，有三个化学键，提示错误信息“Check weird bonds, weird atomic valence(3) for atom (ID:7, name:O7)”。 我尝试修改过   CORR_NAME_TYPE.dat ，添加了如下信息：“O.4 O    3”，结果仍然不可行。
APS.dat BOND打分表格我不太会修改，不知道还有没有别的方法可以告诉软件此处如何处理。
求助各位。分子模型是sdf格式，我用gaussian转换成的mol2格式。

请问sob大神该如何解决？


谢谢！

gchen001

求助，请问有没有人遇到过类似的问题。

sobereva

先用g09对此体系在1 1下用AM1进行优化，得到此结构
1.mol2 (3.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 55)

2017-5-10 19:54 上传 Uploaded

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然后运行/acpype.py -i 1.mol2 -n 1，能正常产生gromacs的拓扑文件。不过原子类型还需要自行检验一下合理性。

gchen001

谢谢sobereva!
按照您给出的解决方法，我测试 acpype.py -i 1.mol2 -n 1时仍在BOND中报错，提示“Possible open valence”. 我用的是Ambertool17,不知道其中有何问题。我是不是该用老一点的版本，还是antechamebr安装不成功？我的ambertool安装的时候进行过测试。大部分测试都通过了。

gchen001

gchen001 发表于 2017-5-10 20:12
谢谢sobereva!
按照您给出的解决方法，我测试 acpype.py -i 1.mol2 -n 1时仍在BOND中报错，提示“Possible ...

acpype.py -i 1.mol2 -n 1  -d
附上报错的信息。
-- Check Geometry --
      for those bonded
      for those not bonded
   Status: pass
-- Check Weird Bonds --
/home/cg/Downloads/amber16/bin/to_be_dispatched/antechamber: Fatal Error!
Weird atomic valence (3) for atom (ID: 19, Name: C19).
       Possible open valence.
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'
  File "acpype.py", line 3558, in <module>
    is_sorted=options.sorted, chiral=options.chiral)
  File "acpype.py", line 3155, in __init__
    self.setResNameCheckCoords()
  File "acpype.py", line 673, in setResNameCheckCoords
    tmpFile = open('tmp', 'r')

gchen001

gchen001 发表于 2017-5-10 22:53
acpype.py -i 1.mol2 -n 1  -d
附上报错的信息。
-- Check Geometry --

问题解决了。
Sob老师给出的1.mol2中BOND类型Ar要改为ar. 最新的Ambertool17不识别
直接vim环境下编辑1.mol2, :%s/Ar/ar/g 即可。