如何生成无定形碳材料的结构与拓扑文件用于gromacs模拟？

kogareru1z · 发表于 Post on 3 day ago

目前的想法是在lammps中使用反应力场通过液态淬火法(liquid quench method)生成初始结构然后用在gromacs模拟中，或者直接通过在盒子中随机填充不同大小形状的含有缺陷的石墨烯片然后能量最小化；但是对二者都有疑问
1. 直接使用sobtop对从lammps的初始结构得到拓扑文件很耗时，而且我怀疑对于更大的体系(10000个原子)sobtop可能无法生成；并且由于获得的材料缺陷极多，gaff2力场可能无法正确指认原子类型？
2. 通过随机填充石墨烯片的方法的话，能量最小化之后进行300k下的nvt模拟，得到结构不是我预想到的均匀分散的结构，而是石墨烯片聚集在一起，这种结构合理吗？

论文示意图

NVT之后得到的结构图

sobereva · 发表于 Post on 前天 02:42

貌似你对sobtop的基本用法理解有严重问题。sobtop是用来产生每种分子类型拓扑文件的，而绝对不是直接对整个体系产生拓扑文件的

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ部分说了：

kogareru1z · 发表于 Post on 前天 12:45

sobereva 发表于 2025-8-20 02:42
貌似你对sobtop的基本用法理解有严重问题。sobtop是用来产生每种分子类型拓扑文件的，而绝对不是直接对整个 ...

我知道sobtop不能直接用来生成体系的拓扑文件，但是通过liquid quench得到的无定形碳没有固定的基础分子结构，就直接是一整个体系；所以我还尝试了通过添加不同的缺陷石墨烯片填充形成无定形碳结构，这里我用于填充的每个石墨烯单元是用sobtop生成拓扑然后通过packmol填充的，我想知道这样的做法是否合理

slxc920113 · 发表于 Post on 前天 15:47

随机创建一个碳原子的盒子，然后用tersoff势函数跑呗。

kogareru1z · 发表于 Post on 前天 18:18

slxc920113 发表于 2025-8-20 15:47
随机创建一个碳原子的盒子，然后用tersoff势函数跑呗。

gromacs能用多体势？不是只能在lammps里用吗

sobereva · 发表于 Post on yesterday 03:12

kogareru1z 发表于 2025-8-20 12:45
我知道sobtop不能直接用来生成体系的拓扑文件，但是通过liquid quench得到的无定形碳没有固定的基础分子 ...

这种情况通过定义sobtop的assign_AT.dat文件，让sobtop根据连接关系和assign_AT.dat里记录的原子类型判据产生拓扑文件

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