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[新手求助] Avogadro构建了CL-20单分子结构,导入到Gaussian View出现原子错乱和化学键错乱情况

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各位老师,我想请教一下,我采用Avogadro创建了CL-20的单分子结构,保存为pdb格式导入到Gaussian View中,出现了原子错乱以及化学键乱连现象,点击了‘clean’扫把按钮发现分子甚至簇成一团?

Avogadro-CL20.png (84.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

这个使用Avogadro构建的CL-20分子

这个使用Avogadro构建的CL-20分子

View-CL20.png (89.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

这个是Gaussian View打开后的情况

这个是Gaussian View打开后的情况

clean-CL20.png (83.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

这个是点击了clean后的情况

这个是点击了clean后的情况

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
既然是单分子结构,应当保存为xyz。pdb一般适合保存较大的周期性结构。
然后创建一个gjf文件,用xyz文件的坐标部分替换掉gjf文件的坐标部分,就可以打开了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 前天 06:17 | 只看该作者 Only view this author
那叫GaussView
明明GaussView建模比Avogadro强得多,既然你都有GaussView,完全没有理由在Avogadro里建模
既然GaussView里看到的连接关系已经混乱了,显然此时不能再点clean以类似分子力场的方式优化,要不然结构自然变得极度扭曲
并且记得GaussView里有rebond重新判断键连关系按钮,参考下文
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html


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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 08:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-8-20 21:25
既然是单分子结构,应当保存为xyz。pdb一般适合保存较大的周期性结构。
然后创建一个gjf文件,用xyz文件的 ...

谢谢老师回答,我之前最开始保存的xyz结构,但是使用GaussView打不开,所以才保存为pdb格式,我再去试试您的方法,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 08:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-21 06:17
那叫GaussView
明明GaussView建模比Avogadro强得多,既然你都有GaussView,完全没有理由在Avogadro里建模
...

谢谢sob老师,感谢老师指正,我明白了,我再重新使用GaussView试一下,感谢sob老师!

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