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[VMD] VMD把所有原子隐去不了

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本帖最后由 shiyuyang 于 2025-4-24 22:13 编辑

我用Multiwfn计算孔隙,在VMD打开.cub格式,想把原子信息全部隐去,只保留孔隙部分,请问选择了none为什么还是不可以?请问图中的这些线代表什么?
使用老师的教程:使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html

想要达到下面这个效果

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发表于 Post on 2025-4-24 20:55:17 | 只看该作者 Only view this author
在上面点两下变红不就不显示了,其中一个CPK已经红了不显示,再把Lines和另一个CPK点红

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-24 22:07:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shiyuyang 于 2025-4-25 10:50 编辑
pal 发表于 2025-4-24 20:55
在上面点两下变红不就不显示了,其中一个CPK已经红了不显示,再把Lines和另一个CPK点红

明白了感谢解答!

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发表于 Post on 2025-4-24 23:00:44 | 只看该作者 Only view this author
除了显示等值面的那个rep外的其它rep全都双击变成红色(不显示状态)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-25 09:33:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-24 23:00
除了显示等值面的那个rep外的其它rep全都双击变成红色(不显示状态)

老师都变成红色也还是去不掉,请问是我的文件有问题吗。
我对lammps生成的.xyz文件提取一帧,用Atomsk -ow 转成.pdb,用Multiwfn算孔隙保存.cub。麻烦老师帮看看这三个文件格式有啥问题吗?


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发表于 Post on 2025-4-25 09:57:38 | 只看该作者 Only view this author
shiyuyang 发表于 2025-4-25 09:33
老师都变成红色也还是去不掉,请问是我的文件有问题吗。
我对lammps生成的.xyz文件提取一帧,用Atomsk - ...

第一个rep你都没弄成红色当然没隐去
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-25 10:17:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shiyuyang 于 2025-4-25 10:47 编辑
sobereva 发表于 2025-4-25 09:57
第一个rep你都没弄成红色当然没隐去

好了谢谢老师解答!

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