[GROMACS] 求助-GROMACS做含非标残基在第一步生成拓扑文件时报错该怎么解决？

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jxt

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发表于 Post on 2025-4-24 16:40:14 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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本帖最后由 jxt 于 2025-4-24 17:14 编辑

sob老师好，大家好，我最近用GROMACS对含非标准残基(具体为多肽N端的FME)的体系用 pdb2gmx命令生成拓扑文件时频繁报错，说非标残基上有一个C原子没有在我的pdb文件中，我对照rtp文件一一修改pdb中的非标残基(FME)原子名称后仍然报错，实在不知道该怎么弄了，特来请教卢老师和大神。具体报错信息如下：

主要有2点疑问：1.明明pdb里的非标残基FME是第一个残基，但这里却说是2号残基？ 2.然后报错说我的rtp文件与pdb输入文件中有个C原子不对应。最后生成的topol.top文件大小是0，相当于第一步就没通过，特附上rtp文件、pdb文件和hdb文件供卢老师及各位查阅，请卢老师和各位小伙伴不吝赐教！