请教低共熔溶剂模拟方法问题

xptracy · 发表于 Post on 2023-2-12 10:02:51

本帖最后由 xptracy 于 2023-2-19 23:23 编辑

最近在学低共熔溶剂的提取机理，参考文献https://www.sci-hub.ru/10.1016/j.foodchem.2021.131042 文献主要方法：采用Amber(99SB-ildn)力场，使用GROMACS2019.6软件包进行分子动力学模拟分析。在GaussView05中绘制了乙醇、胆碱阳离子(Ch)、氯阴离子(Cl)、苹果酸(MA)、儿茶素等分子或离子的结构，并在B3LYP/6-311G**水平上利用密度泛函理论进行优化。分子或离子的拓扑信息由AmberTools的ANTECHAMBER模块生成。部分电荷采用抑制静电势(RESP)电荷，由Multiwfn计算得到。
在12nm×12nm×12nm的立方体盒内，Packmol生成了ChCl-MA-水-儿茶素、乙醇-水-儿茶素、水-儿茶素三种不同体系。ChCl-MA盒由750Ch、750Cl、500MA、40分子儿茶素和2850水分子组成;乙醇(50%，v/v)盒由1578个乙醇分子、4974个水分子和40个儿茶素分子组成;水盒由9988个水分子和40个儿茶素分子组成。范德华相互作用和近距离库仑相互作用均采用截止法，截止距离为1.0nm。长程库仑相互作用采用粒子网格ewald(PME)。平衡阶段采用Berendsen法控制1atm压力，生产阶段采用Parrinello-Rahman法控制1atm压力。退火过程处于平衡相，前30ps温度从0升高到338.15K，其余时间保持在338.15K。采用v尺度法控制平衡相和生产相的温度。产生相运行时间为100ns，阶跃值为2fs，并在各个方向施加周期性边界条件。
采用Tcl语言的VMD软件包对分子建模过程进行可视化，并对模拟过程进行分析。利用减少密度梯度(RDG)方法，应用Multiwfn分析平均非共价相互作用。

拟参考上述方法，构建氯化胆碱-乙二醇-水体系，其中加入咖啡酸分子进行模拟。
packmol构建12*12*12盒子，加入2200个水分子，800个胆碱阳离子，800个氯离子，乙二醇800个，咖啡酸40个。
chlorideanion氯离子
cholinecation胆碱阳离子
ethyleneglycol乙二醇
Caffeicacid咖啡酸
以上sdf pubchem下载gaussview转换为pdb
运行：packmol < DESs-mixture.pac

sdf OpenBabel转换为mol2
启动Sobtop，生成水分子，胆碱阳离子，氯离子，乙二醇，咖啡酸itp、top、gro。

gmx editconf -f DEEs-mixture.pdb -o DEEs-mixture~box.gro -bt cubic -box 12 12 12

topol.top（用sobtop生成tip，把atomtypes都复制出来，重复的删掉，同时把ipt中的atomtypes都删掉，然后引用所有的ipt）
gmx grompp -f em_real.mdp -c DEEs-mixture~box.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 99

gmx mdrun -v -deffnm em

gmx grompp -f npt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o npt.tpr -maxwarn 99

gmx mdrun -v -deffnm npt

gmx grompp -f nvt.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o nvt.tpr -maxwarn 99

gmx mdrun -v -deffnm nvt

以下是文件

caffeicacid.itp (13.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

chlorideanion.itp (443 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 19)

cholinecation.itp (14.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

ethyleneglycol.itp (6.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

water.itp (1015 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 14)

em_real.mdp (3.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

npt.mdp (5.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

nvt.mdp (4.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

DESs-mixture.pac (977 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 12)

topol.top (1.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

通过百度网盘分享的文件：DESs-mix…
链接:https://pan.baidu.com/s/1vjyJ0F1PCdEGCGtm5FidMA
提取码:6g42
复制这段内容打开「百度网盘APP 即可获取」

nvt跑了100ns，不知道这样做得方法对不对，感觉好像不太对，后面画图不是这个效果，想请教下老师，有没有可以参考的教程，哪里有问题？

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-12 23:15:56

翻译得不当，比如
partial charge一般叫分数电荷，或者意译成原子电荷
RESP是限制性拟合静电势电荷

应当说具体itp里的原子电荷怎么来的

mdp写得太闹了，还有很多莫名其妙和不当的地方，诸如rvdw-switch设为0莫名其妙，tau-p也忒大了，达到平衡前也不该用Nose-Hoover，NVT.mdp居然把控温给注释掉了

你也没交代你所谓的画图是画什么图、怎么画的，根本没法回答。如果是按下文用Multiwfn+VMD绘制aNCI图，必须对其中一个分子进行冻结（至少加限制势）保持其坐标固定，文中明确说了
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186

xptracy · 发表于 Post on 2023-2-13 14:54:24

sobereva 发表于 2023-2-12 23:15
翻译得不当，比如
partial charge一般叫分数电荷，或者意译成原子电荷
RESP是限制性拟合静电势电荷

我想先把模拟跑对，mdp应该是之前蛋白小分子模拟的
请问下sob老师mdp我有哪些地方要关注，要怎么改，还有其他错误的地方吗，想先把模拟跑对了在考虑后续画图

spore · 发表于 Post on 2025-4-28 22:41:28

xptracy 发表于 2023-2-13 14:54
我想先把模拟跑对，mdp应该是之前蛋白小分子模拟的
请问下sob老师mdp我有哪些地方要关注，要怎么改，还 ...

我也看到了这篇，最近也在做类似的研究。请问你最终跑出来了吗？我想问下你这样构建盒子的话，最初体系的快照是文献中的样子吗？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 请教低共熔溶剂模拟方法问题

浏览过的版块