请教ACEMD、HTMD、Amber、Gromacs、TorchMD这些分子动力学模拟的软件有什么区别？

YuniJ

如题所示，一直在研究生物大分子的分子动力学模拟，使用的是Gromacs,偶尔也用Amber,最近读文献发现了ACEMD、HTMD、TorchMD，但貌似使用的比较少，想知道实际使用这些软件之间有什么区别吗（ACEMD看到说特别快，目前正在测试）还想知道Gromacs和ACEMD能联动吗？谢谢各位老师

sobereva

除非有什么刚性需求，诸如提供的功能是你当前研究所必须而GROMACS又不支持的，否则完全没必要考虑那些非主流、用户很少而且有的还是收费的程序。论速度GROMACS已经极快了，没必要为了速度再考虑别的。