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[GROMACS] 求助:如何通过gmx current命令正确计算溶液的静态电导率

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本帖最后由 小菜狗 于 2023-8-30 09:43 编辑

各位老师好,目前我做的体系是锂离子电池电解质(包括阴离子、阳离子以及中性溶剂分子),我想计算考虑了离子相关性的离子电导率,通过查找文献得知可以通过Einstein-Helfand关系拟合计算得出。之后我看到GROMACS中可以使用gmx current这个命令,也可以通过Einstein-Helfand关系拟合得出静态电导率,所以我通过官网所给的步骤进行了计算。

我使用的具体命令为:gmx current  -s <.tpr>  -n <.ndx>  -f <.xtc>  -o current.xvg。索引选择的是0.system这整个系统。(我本来还选择的了输出caf.xvg但是发现没有区别。)
最后会得到三个文件:mj.xvg/ md.xvg/ dsp.xvg(附件已上传),我看到dsp文件中有直接拟合E-H关系得出的结果,但是和实验值相差较大,而且我画出这个曲线后发现并不是很线性。

所以我想请教一下:1.gmx current计算得出的静态电导率是考虑了离子相关性的离子电导率吗?2.我使用的命令以及索引的选择是否有错误。3.我应该如何通过得到的三个文件正确计算静态电导率。4.得到的静态电导率的单位是什么呢?是S/m吗?


dsp.xvg

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mj.xvg

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md.xvg

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发表于 Post on 2024-7-2 10:46:54 | 只看该作者 Only view this author
请问你解决了吗,我也遇到了这个问题

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发表于 Post on 2024-9-24 15:58:02 | 只看该作者 Only view this author
有一个疑问,通过gmx current命令计算的是静态电导率,而实际装电池测得的电导率是动态电导率(通过交流阻抗法),这是否意味着这个方法压根不可行呢?

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