关于金属Mo的处理的问题

胡姐姐

蛋白中有一个带金属Mo辅助分子，它是小分子对接进蛋白的重要部分.但是，我在对接的过程中显示Mo和S的电荷为0.请问这该怎么处理呢？已知Mo的化合价+6。请问可以用别的金属的电荷代替Mo的吗？

胡姐姐

怎么才能知道Mo的参数呢？

胡姐姐

atom_par H      2.00  0.020   0.0000   0.00051  0.0  0.0  0  -1  -1  3        # Non H-bonding Hydrogen
atom_par HD     2.00  0.020   0.0000   0.00051  0.0  0.0  2  -1  -1  3        # Donor 1 H-bond Hydrogen
atom_par HS     2.00  0.020   0.0000   0.00051  0.0  0.0  1  -1  -1  3        # Donor S Spherical Hydrogen
atom_par C      4.00  0.150  33.5103  -0.00143  0.0  0.0  0  -1  -1  0        # Non H-bonding Aliphatic Carbon
atom_par A      4.00  0.150  33.5103  -0.00052  0.0  0.0  0  -1  -1  0        # Non H-bonding Aromatic Carbon
atom_par N      3.50  0.160  22.4493  -0.00162  0.0  0.0  0  -1  -1  1        # Non H-bonding Nitrogen
atom_par NA     3.50  0.160  22.4493  -0.00162  1.9  5.0  4  -1  -1  1        # Acceptor 1 H-bond Nitrogen
atom_par NS     3.50  0.160  22.4493  -0.00162  1.9  5.0  3  -1  -1  1        # Acceptor S Spherical Nitrogen
atom_par OA     3.20  0.200  17.1573  -0.00251  1.9  5.0  5  -1  -1  2        # Acceptor 2 H-bonds Oxygen
atom_par OS     3.20  0.200  17.1573  -0.00251  1.9  5.0  3  -1  -1  2        # Acceptor S Spherical Oxygen
atom_par F      3.09  0.080  15.4480  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Fluorine
atom_par Mg     1.30  0.875   1.5600  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Magnesium
atom_par MG     1.30  0.875   1.5600  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Magnesium
atom_par P      4.20  0.200  38.7924  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  5        # Non H-bonding Phosphorus
atom_par SA     4.00  0.200  33.5103  -0.00214  2.5  1.0  5  -1  -1  6        # Acceptor 2 H-bonds Sulphur
atom_par S      4.00  0.200  33.5103  -0.00214  0.0  0.0  0  -1  -1  6        # Non H-bonding Sulphur
atom_par Cl     4.09  0.276  35.8235  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Chlorine
atom_par CL     4.09  0.276  35.8235  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Chlorine
atom_par Ca     1.98  0.550   2.7700  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Calcium
atom_par CA     1.98  0.550   2.7700  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Calcium
atom_par Mn     1.30  0.875   2.1400  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Manganese
atom_par MN     1.30  0.875   2.1400  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Manganese
atom_par Fe     1.30  0.010   1.8400  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Iron
atom_par FE     1.30  0.010   1.8400  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Iron
atom_par Zn     1.48  0.550   1.7000  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Zinc
atom_par ZN     1.48  0.550   1.7000  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Zinc
atom_par Br     4.33  0.389  42.5661  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Bromine
atom_par BR     4.33  0.389  42.5661  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Bromine
atom_par I      4.72  0.550  55.0585  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4        # Non H-bonding Iodine
atom_par Z      4.00  0.150  33.5103  -0.00143  0.0  0.0  0  -1  -1  0  # Non H-bonding covalent map
atom_par G      4.00  0.150  33.5103  -0.00143  0.0  0.0  0  -1  -1  0        # Ring closure Glue Aliphatic Carbon  # SF
atom_par GA     4.00  0.150  33.5103  -0.00052  0.0  0.0  0  -1  -1  0        # Ring closure Glue Aromatic Carbon   # SF
atom_par J      4.00  0.150  33.5103  -0.00143  0.0  0.0  0  -1  -1  0        # Ring closure Glue Aliphatic Carbon  # SF
atom_par Q      4.00  0.150  33.5103  -0.00143  0.0  0.0  0  -1  -1  0        # Ring closure Glue Aliphatic Carbon  # SF

胡姐姐

胡姐姐 发表于 2018-1-31 17:14
atom_par H      2.00  0.020   0.0000   0.00051  0.0  0.0  0  -1  -1  3        # Non H-bonding Hydrogen
ato ...

知道了ADT-paramter.dat可以推出mo的参数吗？

sobereva

化合价和原子电荷没直接关系，见
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362

可以自行计算CHELPG或ADCH电荷来用

胡姐姐

sobereva 发表于 2018-1-31 19:46
化合价和原子电荷没直接关系，见
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362

恩恩，好的，谢谢老师