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[GROMACS] 请问如何利用单个环糊精(γCD)构建CD-MOF-1并进行动力学模拟

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尝试模拟环糊精金属有机框架(CD-MOF-1)与小分子的相互作用,根据文献Nanoporous Carbohydrate MetalOrganic Frameworks (doi: 10.1021/ja208224f)中所给出的CCDC号(773709)下载得到单个环糊精的结构,想请教如何构建文献中图2c中的(γ-CD)6 units。尝试了用packmol构造,但是一跑就散了。



(γCD)6.png (224.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

(γCD)6.png

773709.png (70.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

773709.png

773709.mol2

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Nanoporous carbohydrate metal-organic frameworks.pdf

831.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

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2#
发表于 Post on 2023-3-21 02:32:04 | 只看该作者 Only view this author
packmol根本不是用来构建这种有序结构的
去CCDC下载cif而不是mol2。cif弄到gview等程序里看晶体结构,如果有你能抠出来的单元就抠出来用。如果没有需要的晶体结构,就自己在gview里摆,注意环糊精之间K+离子构成的离子键必须和实际结构里的一致
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-21 21:09:16 | 只看该作者 Only view this author
感谢老师指点。最后用Mercury从cif文件导出了现成的晶体结构。

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发表于 Post on 2024-7-5 11:17:28 | 只看该作者 Only view this author
clh 发表于 2023-3-21 21:09
感谢老师指点。最后用Mercury从cif文件导出了现成的晶体结构。

您好,请问能把这个MOF结构共享一下吗,我也是刚接触γ-CD,MOF,我通过CCDC搜索没有找到相关信息,(晶体结构方面刚接触还不了解具体流程)

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