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[GROMACS] gromacs中energy中动能项缺失

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本帖最后由 Jus 于 2024-6-29 16:11 编辑

各位前辈们好,我经过如下操作提取的体系中的某一相的edr
gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n -oAB.xtc
gmx convert-tpr -n -s md.tpr -o AB.tpr
gmx mdrun -s AB.tpr -rerun AB.xtc -eAB.edr
gmx energy -f AB.edr

最后结果相比于md.edr的能量相缺失很多,例如动能、总能量等
本想通过这种方法求体系某一部分的内能,但是动能项缺失了,只有势能
请问如何提取的完整,感谢解答

屏幕截图 2024-06-28 213917.png (20.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

屏幕截图 2024-06-28 213917.png

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发表于 Post on 2024-6-30 01:16:31 | 只看该作者 Only view this author
从原理上理解
对xtc做rerun,每一帧只有坐标没有速度,自然没法得到动能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-30 08:24:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Jus 于 2024-6-30 10:16 编辑
sobereva 发表于 2024-6-30 01:16
从原理上理解
对xtc做rerun,每一帧只有坐标没有速度,自然没法得到动能

老师你好,我尝试过把xtc换成trr,仍然没有动能项,甚至缺失的更多了

屏幕截图 2024-06-30 101449.png (11.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

屏幕截图 2024-06-30 101449.png

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发表于 Post on 2024-7-2 19:45:24 | 只看该作者 Only view this author
Jus 发表于 2024-6-30 08:24
老师你好,我尝试过把xtc换成trr,仍然没有动能项,甚至缺失的更多了

你若不设nstvout,trr里就不会带有速度信息,同样也不可能有动能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-4 10:17:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-2 19:45
你若不设nstvout,trr里就不会带有速度信息,同样也不可能有动能

好的,我再核对一下,非常感谢sob老师的指教

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