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[GROMACS] 溶质能量最小化收敛,但solvate水之后,最小化不收敛

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本帖最后由 milk_q 于 2025-1-5 19:14 编辑

直接对整个系统能量最小化一直不收敛,后单独先对加入盒子的溶质能量最小化提示成功收敛

在溶质收敛的基础上填充水(spc216),出现不收敛
writing lowest energy coordinates.

Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to machine precision in 28 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -1.2333404e+07
Maximum force     =  2.9297609e+05 on atom 16960
Norm of force     =  4.8281622e+02
是什么原因

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发表于 Post on 2025-1-5 21:43:56 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)的幻灯片:



拓扑文件的检查思想在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-6 09:03:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 milk_q 于 2025-1-6 09:40 编辑
sobereva 发表于 2025-1-5 21:43
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)的幻灯片:

sob老师,搭建盒子之后放入25个分子跑能量最小化是收敛的,是不是拓扑结果没有问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-6 09:57:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-5 21:43
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)的幻灯片:

sob老师,我搭建盒子放25个分子后直接能量最小化是收敛的,是不是说明拓扑结构的文件是没有问题的

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发表于 Post on 2025-1-7 01:08:23 | 只看该作者 Only view this author
milk_q 发表于 2025-1-6 09:57
sob老师,我搭建盒子放25个分子后直接能量最小化是收敛的,是不是说明拓扑结构的文件是没有问题的

放的少的时候分子间作用、挤压、碰撞效应很弱,即便拓扑文件真有潜在问题,可能也暴露不出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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