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[GROMACS] 关于笼重构关联函数(cage-restructure correlation function)的疑问

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各位老师好,最近在复现论文里的关于笼重构关联函数(cage-restructure correlation function)【C(t)】的结果然后套用到自己的体系上,出现了如下疑问。
如文章的示意图所示,当有新的阴离子进入溶剂化结构的时候h(t)=0.9,当原有阳离子完全与新的阴离子进行配位的时候h(t)=0。
那么在自己的体系里面有很多阳离子,自己的体系是由Li+、TFSI-和聚离子液体(PIL)分子组成的,是否选择其中一个特定的Li+,然后逐帧提取溶剂化结构并观察选定的Li+与TFSI-配位的情况以及是否有新的TFSI与选定的Li+形成新的配位即可?
另一个疑问是如果Li+一直与PIL形成配位,而TFSI-并没有进入第一溶剂化壳层,那么此时C(t)岂不是一直为1了嘛?
笼重构示意图及笼重构关联函数图如下,论文中关于笼重构函数的描述如图所示,请各位老师指点!

笼重构示意图.png (42.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

笼重构示意图.png

笼重构函数图.png (348.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

笼重构函数图.png

论文关于笼重构函数的描述.png (509.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

论文关于笼重构函数的描述

论文关于笼重构函数的描述

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