求助：如何根据蛋白的生物特性计算建模需要的参数

好吧改

在最近学的东西算在分子动力学范畴，但是没有大家学的那么难；我用matlab做，需求就是根据已有的实验数据拟合一些符合特定蛋白生物特性的动力学参数，比如：激活速率常数、失活速率常数、与其他蛋白的结合常数等等，然后预测新的行为。找了些相关文献：比如matlab模拟的基质硬度影响整合素簇聚集、影响YAP入核等行为。仅看这些文献有点无从下手，不知道这数据该怎么找以及怎么算。找教程教的都是动力学软件的使用，我应该是不需要用类似Gromacs的软件的，有懂这方面的朋友吗？

student0618

目的太多了，先收窄一下范围，决定实际课题再找方法吧。
如果我没理解错的话，看上去你需要的是实验数据库来训练一个模型？比较热门的课题或体系都可能有数据库，没的话就可能要自己做实验建立数据库了，看目的不同可能不必用分子模拟。

好吧改

student0618 发表于 2024-9-27 13:43
目的太多了，先收窄一下范围，决定实际课题再找方法吧。
如果我没理解错的话，看上去你需要的是实验数据库 ...

嗯嗯，我现在是没找到和我理解的课题相似的文献，所以有点晕头转向不知道该朝哪个具体方向学，感谢回复！“看目的不同可能不必用分子模拟”这句话我没太明白

student0618

好吧改 发表于 2024-9-29 15:53
嗯嗯，我现在是没找到和我理解的课题相似的文献，所以有点晕头转向不知道该朝哪个具体方向学，感谢回复！ ...

这就真要你自己和你的老师讨论了，自己想可能会误会的。你举例的各种动力学参数范围太广了，有没有目标的蛋白？实际目的是预测什么？matlab用来训练一个模型选哪种模型来用？

我写“看目的不同”那一句是因我不敢说“一定用不着分子模拟/分子动力学”，毕竟有些课题是真的会用MD/docking的数据结合实验数据训练一些模型作预测的。

好吧改

student0618 发表于 2024-9-29 16:28
这就真要你自己和你的老师讨论了，自己想可能会误会的。你举例的各种动力学参数范围太广了，有没有目标的 ...

哎...我老师做纯生物的，没做过这些，我是课题组第一个学这些的

student0618

好吧改 发表于 2024-9-29 16:36
哎...我老师做纯生物的，没做过这些，我是课题组第一个学这些的

或许我再提供几个思考、讨论的方向吧。

第一，你的老师真的没有在做的体系？我合作过/认识的几位生物或医学方向的老师都有在研究几个特定体系的，例如某类的酶，不然就是和某些病症有关的蛋白、动物成长/老化相关、影响植物叶片形状的......

第二，知道目标体系后，你的老师他希望预测甚么“新的行为”？研究的最终目标是什么，例如药物开发吗？要预测小分子药物和蛋白结合？蛋白跟蛋白的结合？是要抑制该蛋白还是要激话它？

第三，万一没有前人建立的实验数据库，课题组技术上可提供什么实验数据？就算有其他人提供的数据库可用，预测出来的参数也要实验验证的，课题组或合作者能提供怎样的验证？

第四，有了目的、知道大概方向、对实验数据的类型有概念了，要用什么拟合模型？是要小分子的描述符？是要蛋白的序列？是要用分子对接的分数？这些是要知道有什么目的才能探讨的。

好吧改

student0618 发表于 2024-9-29 18:44
或许我再提供几个思考、讨论的方向吧。

第一，你的老师真的没有在做的体系？我合作过/认识的几位生物 ...

感谢回复！要做的应该是力敏感蛋白，预测细胞内感应力变化(eg：基质刚度)对肿瘤细胞增值迁移的影响.......现在的问题是如何利用实验数据去计算出建模需要的常数，比如说蛋白质合成速率，如果有该蛋白表达的实验数据（qpcr、WB），如何处理这些实验数据