packmol构建盒子时，分子总处于盒子外面

shiyunfan · 发表于 Post on 2023-8-30 16:21:28

想在一个500*500*500的盒子中加入三个经粗粒化力场处理过的蛋白质分子，但尝试了很多次，发现要么有粒子处于盒子边缘，要么全部蛋白质都在盒子外面，如下图

所用的packmol的inp文件如下

act1_box.inp (148 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 41)

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-30 23:50:43

可能插入的分子的pdb文件里体系偏离原点太远

number 3下面加一行center再试

shiyunfan · 发表于 Post on 2023-8-31 08:59:15

sobereva 发表于 2023-8-30 23:50
可能插入的分子的pdb文件里体系偏离原点太远

number 3下面加一行center再试

当分子数目是3个的时候我加了center，改变盒子尺寸，但分子还是总在盒子外面，但当我把分子数目改为5的时候，看起来所有分子都在盒子内了，但感觉分布并不均匀

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-31 12:47:40

shiyunfan 发表于 2023-8-31 08:59
当分子数目是3个的时候我加了center，改变盒子尺寸，但分子还是总在盒子外面，但当我把分子数目改为5的时 ...

没具体文件没法说，你也可以用gmx insert-molecules插入，对当前问题完全适用

shiyunfan · 发表于 Post on 2023-8-31 13:37:21

sobereva 发表于 2023-8-31 12:47
没具体文件没法说，你也可以用gmx insert-molecules插入，对当前问题完全适用

最开始构建体系时用的就是gmx insert-molecules，但是这个存在的问题是总有分子一半处在盒子里，一半在盒子外，以下是我的pdb文件和packmol输入文件以及改成五个分子时，五个分子都处在盒子内的pdb文件

act1_CG.pdb (75.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

act1_5_500.pdb (382.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

act1_box-2.inp (157 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 10)

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-31 15:08:12

shiyunfan 发表于 2023-8-31 13:37
最开始构建体系时用的就是gmx insert-molecules，但是这个存在的问题是总有分子一半处在盒子里，一半在盒 ...

pdb里晶胞信息CRYST1 258.90 442.39 324.39 90.00 90.00 90.00 P 1 1和inside cube 0. 0. 0. 500. 500. 500.不对应。自行把晶胞信息改成500*500*500，就不可能看到出现在外面

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[其它程序] packmol构建盒子时，分子总处于盒子外面