求助：怎么把gromacs的top和gro转成amber的parm和rst？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-8-29 18:42:06

你好,

我想把gromacs跑了100ns后的结构，用amber跑一段GaMD模拟。想把gromacs的top和轨迹最后一帧的gro转成amber的parm和rst？

在网上看到可以用parmed转，但目前服务器的parmed不能用。

请问有其它方法可以转吗?

感谢。

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-8-29 20:40:43

可以考虑重新安装parmed，一个命令就能装好
pip:

复制代码

复制代码

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-8-30 20:48:41

本帖最后由灵芝5 于 2023-8-30 21:05 编辑

你好，现在服务器的parmed运行时会报这个错，请问可以直接用上面的指令直接安装吗？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-8-31 15:36:04

灵芝5 发表于 2023-8-30 20:48
你好，现在服务器的parmed运行时会报这个错，请问可以直接用上面的指令直接安装吗？

只要能联网就可以用上面的命令安装

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[Amber] 求助：怎么把gromacs的top和gro转成amber的parm和rst？