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计算分子内氢键计算的疑问

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本帖最后由 阿姝姝 于 2022-6-8 15:00 编辑

我看了sob老师基于键临界点的电子密度估计内氢键键能的帖子,计算两个中间体A,B 中氢键的键能(A的ΔG比B的ΔG高5kcai/mol,A的氢键键能为-19kcal/mol,B氢键键能-29kcal/mol),我想通过A,B氢键键能的比较来证明B更稳定,但是我又发现这个必须是在气相中,那我能不能用来氢键能量来说明他们能不能用来解释A,B哪个稳定呢

还有就是A.B的键能差在10kcal/mol ,感觉有点太大了,不太合理[img]file:///C:\Users\fanfan\AppData\Roaming\Tencent\Users\1322168698\QQ\WinTemp\RichOle\B14UWJJA[BX$UC%8FM2BNDT.png[/img]

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发表于 Post on 2022-6-8 11:38:34 | 只看该作者 Only view this author
看具体体系吧,一般情况的氢键不会有这么大的键能。如果是想对比两个分子谁更稳定,你可以看看两个分子的吉布斯自由能的差。分子内的氢键可能是稳定分子的一个因素。有可能还要考虑分子间氢键,就像NH3BH2NH2BH3考虑分子内氢键和考虑分子间氢键的时候,稳定的结构是不一样的。

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发表于 Post on 2022-6-8 14:11:18 | 只看该作者 Only view this author
没体系具体特征,没具体计算细节,根本没法回答
普通的氢键根本达不到-29kcal/mol
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-8 14:54:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-8 14:11
没体系具体特征,没具体计算细节,根本没法回答
普通的氢键根本达不到-29kcal/mol

老师这是结构的chemdraw图,计算用的M062X/6-31G* ,是分子内所有的氢键加起来为-29kcal/mol,最大的O-H为-17kcal/mol

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-8 14:54:59 | 只看该作者 Only view this author
这是结构的chemdraw图

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-8 14:56:35 | 只看该作者 Only view this author
这是相互作用图

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-8 15:00:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-8 14:11
没体系具体特征,没具体计算细节,根本没法回答
普通的氢键根本达不到-29kcal/mol

老师我主贴补充了一些信息,麻烦你再看一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-8 15:01:38 | 只看该作者 Only view this author
KangJiaxin 发表于 2022-6-8 11:38
看具体体系吧,一般情况的氢键不会有这么大的键能。如果是想对比两个分子谁更稳定,你可以看看两个分子的吉 ...

您好,我补充了一些信息,麻烦您看一下

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发表于 Post on 2022-6-9 07:32:42 | 只看该作者 Only view this author
阿姝姝 发表于 2022-6-8 14:54
这是结构的chemdraw图

别连续在多个回帖里补充内容,看着很累
一次没贴全就重新编辑帖子
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发表于 Post on 2022-6-9 07:34:43 | 只看该作者 Only view this author
阿姝姝 发表于 2022-6-8 14:54
老师这是结构的chemdraw图,计算用的M062X/6-31G* ,是分子内所有的氢键加起来为-29kcal/mol,最大的O-H为 ...

带电荷氢键比普通中性氢键键能数量级大很正常

当前基组根本没法看,不仅2-zeta根本不够用,counterpoise也没考虑,甚至连氢的极化函数都不带,结果没意义。要有弱相互作用计算的基本常识
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-9 09:27:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-9 07:34
带电荷氢键比普通中性氢键键能数量级大很正常

当前基组根本没法看,不仅2-zeta根本不够用,counterpoi ...

好的老师,那我就不用氢键来比较这两个中间体的稳定性了,我看有篇文献(Org. Lett. 2021, 23, 2421−2425)里说
such as C−H···O and LP···π interactions in TS5R were generally stronger than those in TS5S. Although the C−H···π interaction existed in TS5S, the ∇2ρ values were low, indicating weak interactions. Notably, that the ∇2ρ value of the π···π interaction was high, and only existed in TS5R; hence, we conclude that C−H···O and π···π interactions are a key factor controlling the stereoselectivity.

那我能不能用values of Laplacian of electron densities来比较这些相互作用的大小呀

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发表于 Post on 2022-6-10 06:54:12 | 只看该作者 Only view this author
阿姝姝 发表于 2022-6-9 09:27
好的老师,那我就不用氢键来比较这两个中间体的稳定性了,我看有篇文献(Org. Lett. 2021, 23, 2421&#872 ...

没什么普适性
和氢键强度的关系还不如BCP的电子密度本身
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-10 12:14:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-10 06:54
没什么普适性
和氢键强度的关系还不如BCP的电子密度本身

谢谢老师

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