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[GROMACS] 求助:gromacs如何统计卤素原子形成的氢键

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请问gromacs如何统计卤素原子形成的氢键呢?默认好像只能识别O和N做为氢键受体

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发表于 Post on 2021-6-25 18:28:15 | 只看该作者 Only view this author
只能改代码
要么就用VMD之类统计氢键
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-30 11:08:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-25 18:28
只能改代码
要么就用VMD之类统计氢键

请问卢老师VMD就能识别卤素的氢键吗?

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发表于 Post on 2021-7-1 02:39:53 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-6-30 11:08
请问卢老师VMD就能识别卤素的氢键吗?

是的,只要X-H...Y符合氢键键长和键角判据,不管X和Y是什么元素。当然你也可以用选择语句限制X和Y的元素

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-6 11:32:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-1 02:39
是的,只要X-H...Y符合氢键键长和键角判据,不管X和Y是什么元素。当然你也可以用选择语句限制X和Y的元素

卢老师,我只知道vmd可以通过hbond显示方式让氢键显示出来,可是如何让软件给出具体的数值呢

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发表于 Post on 2021-7-7 08:46:52 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-7-6 11:32
卢老师,我只知道vmd可以通过hbond显示方式让氢键显示出来,可是如何让软件给出具体的数值呢

手动量一下就完了
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