VASP 5.4.4 编译f90文件总是终止

zugehaomeng

本人在学校的超算集群上编译的，每次make all都是在大概相似的位置终止的，不知道是什么原因。编译器用的是 intel composer_xe_2016.3.210。错误上传图片了，求高人指点。
编译器和库都是别人下好的了，我就是加了几条环境变量。

source/data/software/compiler/intel/composer_xe_2016.3.210/bin/iccvars.sh intel64

source/data/software/mpi/intelmpi/5.1.3.210/intel64/bin/mpivars.sh intel6

source /data/software/compiler/intel/composer_xe_2016.3.210/bin/ifortvars.shintel64

source/data/software/compiler/intel/composer_xe_2016.3.210/mkl/bin/mklvars.sh intel64

# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\
             -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 \
             -Duse_collective \
             -DscaLAPACK \
             -DCACHE_SIZE=4000 \
             -Davoidalloc \
             -Duse_bse_te \
             -Dtbdyn \




CPP        = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)


FC         = mpiifort
FCL        = mpiifort -mkl=sequential -lstdc++


FREE       = -free -names lowercase


FFLAGS     = -assume byterecl -w
OFLAG      = -O2
OFLAG_IN   = $(OFLAG)
DEBUG      = -O0


MKL_PATH   = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS       =
LAPACK     =
BLACS      = -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)


OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o \
             $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xfbfftw3xf_intel.a




INCS       =-I$(MKLROOT)/include/fftw


LLIBS      = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)




OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o


# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB    = $(CPP)
FC_LIB     = $(FC)
CC_LIB     = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB   = $(FREE)


OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o


# For the parser library
CXX_PARS   = icpc


LIBS       += parser
LLIBS      += -Lparser -lparser -lstdc++


# Normally no need to change this
SRCDIR     = ../../src
BINDIR     = ../../bin


#================================================
# GPU Stuff


CPP_GPU    = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK


OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o


CC         = icc
CXX        = icpc
CFLAGS     = -fPIC -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS


CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC       := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB   := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas


GENCODE_ARCH    := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \
                   -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
                   -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"


MPI_INC    = $(I_MPI_ROOT)/include64/

zugehaomeng

我是添加了VTST的，不知是不是因为那个

zugehaomeng

又试了试，是这样的，make一次会编译一会儿，然后到一个文件就中断了。在make all的时候这个中断的文件就被成功编译了，会继续编译一会儿，然后又断了。就这样周而复始的，求明白的人指点一下。

abin

猜测， 你下载vasp源码有问题。 也许遇到了被人篡改了或者删除了某个文件的情况。
我遇到过类似的问题。

使用yandex搜索 会找到一个俄文站点， 有BT链接， 很快就会下载完毕。 那个没有问题。
我使用的文件， md5如下：
MD5 (Pseudopotentials.tar.gz) = 4fe3dafbe219a50d61cb0c40f9014589
MD5 (patch.5.4.4.16052018) = b3c3a330ab7389bf89558393efca1808
MD5 (potpaw_PBE.54.tar.gz) = 8d30c39d647e9f0eab5cebdb6d38ce84
MD5 (vasp.5.4.4.tar.gz) = 8ac646b108f974371eef398973373bf6
MD5 (vasp.5.lib.tar.gz) = 8a2bdf683cd591d0589f66edcbf8234b


之前在百度上找到一个源码，被篡改了其中的文件，编译总是失败。
请使用第三个链接，就能找到结果。

zugehaomeng

哦哦， 谢谢啦，我再下一下试试。就搜vasp 5.4.4吗

zugehaomeng

abin 发表于 2018-9-2 20:20
猜测， 你下载vasp源码有问题。 也许遇到了被人篡改了或者删除了某个文件的情况。
我遇到过类似的问题。  ...

哦哦， 谢谢啦，我再下一下试试。就搜vasp 5.4.4吗

zugehaomeng

abin 发表于 2018-9-2 20:20
猜测， 你下载vasp源码有问题。 也许遇到了被人篡改了或者删除了某个文件的情况。
我遇到过类似的问题。  ...

对了 这个软件我是从官网上下的，也会出现这种问题吗？

abin

zugehaomeng 发表于 2018-9-2 20:45
对了 这个软件我是从官网上下的，也会出现这种问题吗？

对比一下md5就知道有没有问题啊。

jjqaz

兄弟，这个问题解决了吗？求指导啊~

abin

jjqaz 发表于 2020-5-26 19:21
兄弟，这个问题解决了吗？求指导啊~

看看这个  http://bbs.keinsci.com/thread-17652-1-1.html

或者这个 https://youtu.be/umQY1l4jeBg
或者这个 https://www.bilibili.com/video/BV1U4411r7xZ/

zalman

是不是在超算集群的登录节点上编译的，进程被杀了。。

abin

zalman 发表于 2020-5-30 20:09
是不是在超算集群的登录节点上编译的，进程被杀了。。

我觉得很有可能哎。