QM/MM 对于描述有强共价性质的氢键的泛函和基组的选择问题

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-7-8 00:48:55

我想用QM/MM来计算拉开一个在蛋白质中有强共价性质的氢键的反应势垒，对这个问题我们之前用Gaussian研究过，那时用的是M06-2X-D3/def2-TZVP优化结构然后M06-2X/ma-TZVP//MP2/jun-cc-pvTZ算单点，算出来的结果很符合我们的假设。
现在老板希望我用CP2K来做QM/MM来做算同样的东西,不过加上了周围的蛋白,准备用伞状采样来算拉开这个氢键的自由能势垒,暂定的QM区域有大致100个原子,估计40个窗口5ps的equil和15ps的prod,之前我们组做别的项目(四年前)的时候,使用BLYP-D3(BJ)/TZV2P。想问一下这样的泛函和基组选择合理么？
还是按照http://sobereva.com/336中对于算弱相互作用力的推荐，考虑B3LYP-D3(BJ)/6-31+G**或者B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**？
谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-8 04:16:11

BLYP-D3(BJ)/TZV2P没问题。如果这个级别在CP2K里效率较高就用这个

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-7-8 04:35:04

sobereva 发表于 2019-7-8 04:16
BLYP-D3(BJ)/TZV2P没问题。如果这个级别在CP2K里效率较高就用这个

谢谢sob老师，因为四年前做这个的人已经走了而且不做QM/MM了，所以不清楚现在流行啥组合。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-8 15:42:16

wuzhiyi 发表于 2019-7-8 04:35
谢谢sob老师，因为四年前做这个的人已经走了而且不做QM/MM了，所以不清楚现在流行啥组合。

这个组合在现在来看也不过时
当然B3LYP-D3(BJ)比BLYP-D3(BJ)略好一点，但后者在CP2K里应该效率高得多，明显更划算

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2019-7-9 03:02:59

纯属好奇，我想问一下，CP2K做umbrella sampling方便吗？我之前只见过我所在的组里的一个合作者用CP2K做thermodynamic integration。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-7-10 04:00:37

本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-7-10 04:22 编辑

Daniel_Arndt 发表于 2019-7-9 03:02
纯属好奇，我想问一下，CP2K做umbrella sampling方便吗？我之前只见过我所在的组里的一个合作者用CP2K做the ...

cp2k支持plumed
所以理论上说plumed支持的cp2k都支持

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