已知两个化合物各自的pdb及top，如何得到两个化合物聚合后的top去模拟？

万年流星 · 发表于 Post on 2019-6-3 10:49:30

已知两个化合物各自的pdb及top，如何得到两个化合物聚合后的top去模拟？有什么方法来实现呐？

万年流星 · 发表于 Post on 2019-6-3 10:54:00

力场为gromos

diaok · 发表于 Post on 2019-6-3 17:36:49

万年流星发表于 2019-6-3 10:54
力场为gromos

力场选好不改了吗？
可以自己把top做成残基形式，键连和键角二面角之类再找对应参数补上恰当的

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-3 17:41:52

看具体是什么化合物，不同体系处理做法明显不同，有的有简单办法，有的得用通用但复杂的办法

万年流星 · 发表于 Post on 2019-6-3 18:07:15

diaok 发表于 2019-6-3 17:36
力场选好不改了吗？
可以自己把top做成残基形式，键连和键角二面角之类再找对应参数补上恰当的

主要是gromos力场下载到了这两种化合物的pdb及top，在其他力场比如opls力场就没找到参数。可以详细讲下吗？

万年流星 · 发表于 Post on 2019-6-3 18:12:18

万年流星发表于 2019-6-3 18:07
主要是gromos力场下载到了这两种化合物的pdb及top，在其他力场比如opls力场就没找到参数。可以详细讲下吗 ...

这两个化合物得到的聚合物怎么实现呢？

diaok · 发表于 Post on 2019-6-3 21:00:16

万年流星发表于 2019-6-3 18:12
这两个化合物得到的聚合物怎么实现呢？

简单点的antechamber完事，其他力场就要自己删除添加处理各种键，原子序号还要重编很麻烦

万年流星 · 发表于 Post on 2019-6-4 10:52:59

diaok 发表于 2019-6-3 21:00
简单点的antechamber完事，其他力场就要自己删除添加处理各种键，原子序号还要重编很麻烦

好的，谢谢

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