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[Amber] 求助Amber产生的.nc轨迹文件转.xyz文件

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楼主
请教论坛大神是否有办法提取轨迹文件中每一帧的结构三维坐标信息并保存成.xyz各式

我直接使用cpptraj:
    1 parm *.prmtop
    2 trajin md49.nc 1 25 1
    3 strip :WAT,Na+,Cl-
    4 trajout md49.xyz xyz

得到的结果是不给出帧数分割甚至没有原子名字的:
    1  Cpptraj Generated trajectory
    2    5.034 -15.062 -34.700   5.530 -14.182 -34.709   5.295 -15.449 -35.596   5.498
    3  -15.707 -34.077   3.602 -14.882 -34.513   3.197 -15.839 -34.183   3.402 -13.921
    4  -33.311   3.996 -13.009 -33.391   2.346 -13.662 -33.212   3.783 -14.596 -31.995
    5    4.985 -14.284 -31.412   5.654 -13.574 -31.875   5.324 -14.950 -30.206   6.310
    6  -14.790 -29.796   4.381 -15.783 -29.613   4.593 -16.245 -28.660   3.077 -15.856
    7  -30.054   2.289 -16.416 -29.571   2.787 -15.288 -31.301   1.766 -15.411 -31.633
    8    2.874 -14.313 -35.706   3.461 -13.665 -36.543   1.551 -14.544 -35.852   1.052
    9  -15.093 -35.168   0.806 -14.032 -37.022   1.349 -14.310 -37.928  -0.598 -14.701
   10  -37.189  -1.305 -14.409 -36.410  -0.925 -14.352 -38.171  -0.602 -16.264 -37.260
上海交通大学计算化学与分子生物信息学实验室
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发表于 Post on 2019-5-15 19:34:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokoy 于 2019-5-15 19:36 编辑

没怎么用过amber,强答一波。不能用vmd存成xyz吗?

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发表于 Post on 2019-5-15 20:56:51 | 只看该作者 Only view this author
VMD载入,保存成xyz格式是最方便的
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