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[综合交流] 请问计算protein pKa相对比较精确的办法有哪些?

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发表于 Post on 2019-4-5 05:32:50 | 只看该作者 Only view this author
直接的做法有这些,更严格的基于MD自由能计算实现的也有


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xyyan1207 + 5 谢谢分享
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发表于 Post on 2019-4-13 17:43:44 | 只看该作者 Only view this author
amber和NAMD的cpHMD都可以预测pka虽然准不准是另一回事了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-18 21:53:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-5 05:32
直接的做法有这些,更严格的基于MD自由能计算实现的也有

再请教下老师,如果想要计算蛋白质环境中底物配体的pKa有办法吗?

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发表于 Post on 2019-4-19 03:36:56 | 只看该作者 Only view this author
xyyan1207 发表于 2019-4-18 21:53
再请教下老师,如果想要计算蛋白质环境中底物配体的pKa有办法吗?

有不同的角度,看具体情况
比如某些情况可以通过量化程序以常规方式算pka,蛋白环境用背景电荷表达
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-19 09:37:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-19 03:36
有不同的角度,看具体情况
比如某些情况可以通过量化程序以常规方式算pka,蛋白环境用背景电荷表达

老师,如果按照这种方法计算的话,那氢质子的数据如何得到呢?

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发表于 Post on 2019-4-19 22:09:33 | 只看该作者 Only view this author
xyyan1207 发表于 2019-4-19 09:37
老师,如果按照这种方法计算的话,那氢质子的数据如何得到呢?

有现成的实验数据或者前人已经算出来的靠谱的数据
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-20 13:10:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-19 22:09
有现成的实验数据或者前人已经算出来的靠谱的数据

老师,我理解的是这背景电荷是我自己蛋白计算体系的MM区域的呀,别人没做过这体系,那是不是说就没办法了呀,我理解对了吗

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发表于 Post on 2019-4-20 23:54:11 | 只看该作者 Only view this author
xyyan1207 发表于 2019-4-20 13:10
老师,我理解的是这背景电荷是我自己蛋白计算体系的MM区域的呀,别人没做过这体系,那是不是说就没办法了 ...

看不懂你的问题
背景电荷肯定是MM区域的原子对应的原子电荷
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