关于amber GROUP Specification的例子

delbert

在能量最小化中指定蛋白质中的Cα atoms的位置束缚小于5 kcal mol-1 Å-2  

脚本是这样的吗？
Minimize
&cntrl
imin=1, maxcyc=200,
ntpr=5,
ntr=1,
&end
Group input for restrained atoms
5
FIND
**C*
SEARCH
RES 1 512
END
END

xpyp

看官网教程

delbert

xpyp 发表于 2019-4-17 21:01
看官网教程

谢谢你

delbert

有坛友建议看官网教程，我发现官网根本没有这么细的，最后在ManuaL上找到，写出来分享给大家。
1.格式
第一部分......title........
第二部分......Weight format........
第三部分......Control to define the group.......
第四部分.......END.......

其中第三部分详述一下，其他很简单。完全格式时这样的：
FIND
* * * *
SEARCH
RES 1 999
END
其中的四个星号（通配符）分别代表1. atom name 2.Amber atom type 3. The tree name (M, S, B, 3, E) of the atom to be included（这个没明白） 4. The residue name to which the atom has to belong to be
included in the group
举几个例子
1.Positional restraints of 5 kcal mol Å applied to CYS

Group input for restrained atoms
5
FIND
***CYS
SEARCH
RES 1 999
END
END

2.Positional restraints of 5 kcal mol Å applied to all Cα atoms of CYS
FIND
C C * CYS
SEARCH
RES 1 999
END
END

具体参看2017 amber manual 386页
希望大家一起讨论一下