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[Amber] Amber如何在后台运行水分子

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用amber计算一个分子,用Xshell与服务器相连。创建好了水盒子,在平衡电荷的时候,由于时间比较长,经常和服务器断开连接,求问各位大佬,有什么代码可以直接在后台进行电荷平衡计算的?

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发表于 Post on 2018-11-9 14:46:27 | 只看该作者 Only view this author
用nohup [命令] &提交,用exit登出。这在此文里提到了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-9 15:03:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-9 14:46
用nohup [命令] &提交,用exit登出。这在此文里提到了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sob ...

谢谢sob老师,我去试试看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-9 15:12:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-9 14:46
用nohup [命令] &提交,用exit登出。这在此文里提到了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sob ...

sob老师,您好。我的任务没有gjf文件,之前算别的分子的时候,都是直接在Xshell中输命令的,怎么在断开服务器连接的情况下仍然继续跑呢?

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发表于 Post on 2018-11-10 00:48:09 | 只看该作者 Only view this author
Abandon-fmt 发表于 2018-11-9 15:12
sob老师,您好。我的任务没有gjf文件,之前算别的分子的时候,都是直接在Xshell中输命令的,怎么在断开服 ...

这和有没有gjf文件毫无关系
你把我的回复里的[命令]改成你的运行语句就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-10 08:24:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-10 00:48
这和有没有gjf文件毫无关系
你把我的回复里的[命令]改成你的运行语句就完了

好的~谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-10 08:59:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-10 00:48
这和有没有gjf文件毫无关系
你把我的回复里的[命令]改成你的运行语句就完了

sob老师,我的命令是这样的
nohup addions2 m Cl- 0 &
但是报错ERROR: syntax error
不知道哪儿错了

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发表于 Post on 2018-11-10 09:15:50 | 只看该作者 Only view this author
Abandon-fmt 发表于 2018-11-10 08:59
sob老师,我的命令是这样的
nohup addions2 m Cl- 0 &
但是报错ERROR: syntax error

addions2得在leap里用啊
而且这样的命令瞬间就跑完了,何必放到后台去
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-10 10:17:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-10 09:15
addions2得在leap里用啊
而且这样的命令瞬间就跑完了,何必放到后台去

这个分子比较奇怪,之前算的分子确实是瞬间就出来了,这个要好久,久到和服务器断开连接。
sob老师有解决方法么?

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