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[Material Studio] 用MS跑MD做动画的问题

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用MS做经典分子动力学的计算,下图的东西是MS中控制动画播放停止以及快进快退等的功能,那么问题来了,我的计算时间不长设置的是1.2fs,总共跑了1.2ns,我现在想得到240ps、480ps、720ps、960ps时的快照图,具体该怎么做呢,Animation options设置中,只有 frame的设置,这个怎么和时间关联上?还有 Playback speed的只有拉条,也没说拉条下边每一个竖条代表正常速度的几倍?求教,翻看一下午的help也没有解决,help里面对 Animati Options dialog中对这一部分说明很模糊,

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发表于 Post on 2016-1-20 02:27:00 | 只看该作者 Only view this author
保存多少帧和你自己设的保存帧时候的步数间隔有关
看你图上有201帧,相当于6ps保存一帧,所以看240ps的话应该是第1+240/6=41帧

那个拉条没有什么物理意义,只是影响看的时候的效果。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-21 20:51:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-20 02:27
保存多少帧和你自己设的保存帧时候的步数间隔有关
看你图上有201帧,相当于6ps保存一帧,所以看240ps的话 ...

好的,非常感谢老师的回答,

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-27 21:03:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-20 02:27
保存多少帧和你自己设的保存帧时候的步数间隔有关
看你图上有201帧,相当于6ps保存一帧,所以看240ps的话 ...

老师,像文献中下图的扩散系数是表面距离的函数,这样的图是怎么做出来的呢?我会用MSD来求出扩散系数,下面这样的图需要自己划定区域求出区域内的扩散系数,然后再拟合出来嘛?比方说我求出距离表面每2angstrom 各个区域内的扩散系数,得到一系列的点然后再自己拟合。希望老师能指点一二,不胜感激

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发表于 Post on 2016-1-27 21:10:55 | 只看该作者 Only view this author
茶味果冻 发表于 2016-1-27 21:03
老师,像文献中下图的扩散系数是表面距离的函数,这样的图是怎么做出来的呢?我会用MSD来求出扩散系数, ...

这就只能自己写脚本或程序来进行统计分析了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-27 21:23:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-27 21:10
这就只能自己写脚本或程序来进行统计分析了

好的,非常感谢老师的回答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-19 11:22:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-27 21:10
这就只能自己写脚本或程序来进行统计分析了

老师您好!我做MD计算,采用的NVT系综,初始条件那里设置的压强是0Gpa,但是在计算结束后显示,压强不为0 还有负值,这该怎么解释呢 下图,是由于计算过程中温度的波动变化引起的嘛,0.01Gpa的压强就是很大的压强了,这对结果有什么影响嘛,从计算的结果来看 除了扩散系数比较大 其它的均是正常的,谢谢老师的阅读,希望老师能指点一二

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发表于 Post on 2016-2-19 14:53:01 | 只看该作者 Only view this author
茶味果冻 发表于 2016-2-19 11:22
老师您好!我做MD计算,采用的NVT系综,初始条件那里设置的压强是0Gpa,但是在计算结束后显示,压强不为0 ...


NVT的话设压强没有意义,本身不会控压,只不过能监控压力的变化而已。压强有这样的值并不意外。
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sobereva 发表于 2016-2-19 14:53
NVT的话设压强没有意义,本身不会控压,只不过能监控压力的变化而已。压强有这样的值并不意外。

好的,非常感谢老师的解答

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发表于 Post on 2018-9-21 02:57:15 | 只看该作者 Only view this author
您好,我想看MD过程中的每一步结构变化,要怎么看呢?可以直接在MS里看吗?

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发表于 Post on 2018-9-21 20:43:06 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2018-9-21 02:57
您好,我想看MD过程中的每一步结构变化,要怎么看呢?可以直接在MS里看吗?

MS跑的轨迹在MS的界面里就能看
其它程序跑的轨迹一般用VMD看。MS的轨迹也可以导出成VMD能认的格式用VMD看,如
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
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发表于 Post on 2018-9-25 03:01:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-21 20:43
MS跑的轨迹在MS的界面里就能看
其它程序跑的轨迹一般用VMD看。MS的轨迹也可以导出成VMD能认的格式用VMD ...

谢谢!
我是用vasp跑的,要怎么用VMD看呢?

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