模拟钙离子在矿物表面的吸附时提示large VCM

shaofeng · 发表于 Post on 2018-8-27 15:17:50

各位大牛，
利用gromacs模拟钙离子在矿物表面的吸附时，采用1fs的步长会在log文件里显示很多
Energies (kJ/mol)
      LJ (SR)  Disper. corr. Coulomb (SR) Coul. recip.    Potential
2.03051e+05 -3.19347e+03 -2.41466e+06 3.43420e+03 -2.21137e+06
Kinetic En. Total Energy  Conserved En. Temperature Pres. DC (bar)
3.33958e+04 -2.17797e+06 -1.82049e+06 2.99020e+02 -4.49438e+02
Pressure (bar) dVremain/dl Constr. rmsd
3.02672e+03 0.00000e+00 1.43449e-06

Large VCM(group Ca):    -0.12092,    0.21058,    0.14168, Temp-cm:  1.23189e+00
Large VCM(group Ca):    -0.05172,    -0.23700,    -0.19030, Temp-cm:  1.48163e+00
Large VCM(group Ca):    -0.21744,    -0.14683,    0.10110, Temp-cm:  1.23226e+00
Large VCM(group Ca):    -0.06326,    0.13361,    0.21144, Temp-cm:  1.03738e+00

采用0.5fs也有类似提示。请各位指教下这个对结果有没有影响，如何解决。

sobereva · 发表于 Post on 2018-8-27 15:42:27

提示就是说Ca组质心速度较大。不一定意味着模拟有问题。不知道你怎么设的消除整体运动的group，如果把Ca单独作为了一个group，这是不合适的。如果体系充分平衡了，消除质心运动设定也合理，一般不会有这个提示。

shaofeng · 发表于 Post on 2018-8-27 21:03:10

sobereva 发表于 2018-8-27 15:42
提示就是说Ca组质心速度较大。不一定意味着模拟有问题。不知道你怎么设的消除整体运动的group，如果把Ca单 ...

多谢sob大牛，我是把Ca单独设为一个group来算的。是不是把正负离子设为一个group更好。

shaofeng · 发表于 Post on 2018-8-27 21:11:09

sobereva 发表于 2018-8-27 15:42
提示就是说Ca组质心速度较大。不一定意味着模拟有问题。不知道你怎么设的消除整体运动的group，如果把Ca单 ...

把Ion设为一个group，问题解决。

sobereva · 发表于 Post on 2018-8-27 21:45:03

shaofeng 发表于 2018-8-27 21:11
把Ion设为一个group，问题解决。

当前情况，一般都是把离子和溶剂一起设为一个消除质心运动的group，因为离子和溶剂耦合很强

shaofeng · 发表于 Post on 2018-8-28 08:16:42

sobereva 发表于 2018-8-27 21:45
当前情况，一般都是把离子和溶剂一起设为一个消除质心运动的group，因为离子和溶剂耦合很强

所有的离子和溶剂吗。我重新计算一下。多谢。

sobereva · 发表于 Post on 2018-8-28 16:47:36

shaofeng 发表于 2018-8-28 08:16
所有的离子和溶剂吗。我重新计算一下。多谢。

是的。
如果之前已经跑过了，结果也合理，就不必重新跑了。以后计算建议弄成一个group

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 模拟钙离子在矿物表面的吸附时提示large VCM

浏览过的版块