GROMACS2018集群安装问题及解决方法一例

h840473807

      按照社长的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html 在实验室AMD集群上安装了GROMACS2018, 集群系统是CentOS 6。编译成功后在登陆服务器上能正常运行，但用pbs任务系统提交到计算节点，则报错
gmx: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.18' not found (required by /public/home/lsb/gmx2018.4/bin/../lib64/libgromacs.so.3)
gmx: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.14' not found (required by /public/home/lsb/gmx2018.4/bin/../lib64/libgromacs.so.3)
gmx: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.15' not found (required by /public/home/lsb/gmx2018.4/bin/../lib64/libgromacs.so.3)

      谷歌该错误信息，按照此贴 https://blog.csdn.net/na_beginning/article/details/53413997 方法，将安装的新版本libgromacs.so.6 复制到/public/home/lsb/gmx2018.4/bin/../lib64/ 目录下，成功解决问题。
      猜测软件能在登陆节点运行，而在计算节点报错，可能因为我的软件是在登陆节点编译的，而登陆节点和计算节点的硬件配置不一样。登陆节点的CPU是AMD Opteron(tm) Processor 4386（8核），计算节点的CPU是AMD Opteron(tm) Processor 6344（24核心）。不知我这样解决是否保险，是否应该用计算节点来编译程序？望赐教。

sobereva

说明你的计算节点的系统比登录节点的老。
能运行就行。当然最理想的还是在计算节点上编译

h840473807

sobereva 发表于 2019-3-9 02:58
说明你的计算节点的系统比登录节点的老。
能运行就行。当然最理想的还是在计算节点上编译

谢谢老师，刚才看了一下，果然是这样，登陆节点系统是CentOS 6.8 计算节点系统是CentOS 6.5