残基溶剂化能计算问题

compume

各位同学老师，请教一个问题，我利用gromacs5计算FEP的时候，我只想计算蛋白质一部分的原子，比如说残基1的能量，但是我修改了topology文件，定义了这几个原子的state B，但是好像没有识别state B，计算结果和没有修改topology（没有在topology里面加上state B）的结果是一致的，不知道这是什么原因，下面是mdrun的mdp文件和修改后（加上了要计算的部分原子的state B）的top文件。

somniferum

这个问题我不太懂，但是，我觉得你可以试着做做index文件，然后再计算，就像蛋白和配体的那种，我觉得这么做应该可行。

compume

somniferum 发表于 2018-6-1 19:59
这个问题我不太懂，但是，我觉得你可以试着做做index文件，然后再计算，就像蛋白和配体的那种，我觉得这么 ...

试过index，不可行，生成tpr的时候加了-n index.ndx ,但是自动忽略了index，直接生成了tpr，没有让选择是哪个group

somniferum

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couple-moltype = Methane: [ moleculetype ]中的名称, 其拓扑会在状态A到状态B之间进行内插. 注意, 这里给出的名称必须与[ moleculetype ]中的相匹配, 不能使用残基名称. 在一些情况下, 这些名称可能相同, 但出于演示的目的, 对[ moleculetype ]及其相关残基我使用了不同的名称.

couple-lambda0 = vdw: 状态A中, 内插[ moleculetype ]和体系其余部分之间的非键相互作用的类型. vdw表示甲烷和水之间只存在范德华项, 不存在溶质溶剂之间的库伦相互作用.

couple-lambda1 = none: 状态B中, 内插[ moleculetype ]和体系其余部分之间的非键相互作用的类型. none表示在状态B中范德华和库伦相互作用都不存在. 相对于couple-lambda0, 这表示只关闭了范德华项.
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我在网上看到的以上内用，截图传不了就粘过来了，别人翻译的就别吐槽了。我理解的就是couple-moltype是可以的改的，而且应该就是要算的，我觉得你可以试试做一个你要算的那些残基的index文件，把mdp里面的这个名成改成index文件里你那些残基显示的名称试试。我也是个学生，估计以后也会遇到这样的问题，所以大家研究研究看怎么解决吧。

向日葵天涯

somniferum 发表于 2018-6-2 00:07
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这个我也试过也不可行，首先couple-moltype是可以修改的，但是因为要计算的是protein中某些原子，是protein的一部分，没有办法生成只有几个原子的moleculetype。其次就是识别不了index文件，可以在index文件新建一个需要计算部分的group，但是生成tpr的时候不会让你选择，识别不了index文件，直接跳过index文件，自动选择mdp中的couple-moltype

somniferum

向日葵天涯 发表于 2018-6-2 12:57
这个我也试过也不可行，首先couple-moltype是可以修改的，但是因为要计算的是protein中某些原子，是prote ...

是可以的，你要用em或者npt什么的tpr文件做index，gro文件选不了氨基酸残基，这样就能选残基了，额。。。原子的话没试过。然后在里面选r50就选中了50号的氨基酸。然后就是平时咱们做常规md的时候不是有一个这个嘛“tc_grps = protein_lig envir”。我认为这个protein_lig就是index文件里面做出来的，但是他在做tpr的时候是不会让你选择的，所以我想做一个这样的index文件然后写一个这样的是不是就可以了。