vmd怎样完整地显示溶质周围的水分子

ra2ghgzh · 发表于 Post on 2017-12-25 20:41:13

本帖最后由 ra2ghgzh 于 2017-12-25 20:42 编辑

使用water and within r of protein可以显示距离蛋白质r个埃的水分子。
但是这样做经常会在最外层得到H和O以及OH基团。
那么怎样能把这些不完整的原子和基团删除或者补全呢？
谢谢各位高手的帮助。

abdoman · 发表于 Post on 2017-12-25 21:41:23

water and same residue as within r of protein

ra2ghgzh · 发表于 Post on 2017-12-26 14:28:43

abdoman 发表于 2017-12-25 21:41
water and same residue as within r of protein

多谢。
再问个问题：
选择update selection every frame可以让每一帧都显示溶质周围的水分子，但是保存成坐标文件时却不是这样。这该如何解决？

diaok · 发表于 Post on 2017-12-26 15:11:29

ra2ghgzh 发表于 2017-12-26 14:28
多谢。
再问个问题：
选择update selection every frame可以让每一帧都显示溶质周围的水分子，但是保存 ...

保存坐标时也更新吗？
那样轨迹里面分子数目都不恒定
应该只能每一帧来单独存了

ra2ghgzh · 发表于 Post on 2017-12-26 15:28:34

diaok 发表于 2017-12-26 15:11
保存坐标时也更新吗？
那样轨迹里面分子数目都不恒定
应该只能每一帧来单独存了

那可以写tcl脚本来完成这个任务么?

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-26 16:24:40

ra2ghgzh 发表于 2017-12-26 15:28
那可以写tcl脚本来完成这个任务么?

可以，利用writepdb命令，可以把指定的atomselect区域保存到指定的pdb里

ra2ghgzh · 发表于 Post on 2017-12-26 16:41:43

sobereva 发表于 2017-12-26 16:24
可以，利用writepdb命令，可以把指定的atomselect区域保存到指定的pdb里

谢谢，今天没eV可以送了

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