计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 12259|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 甲酯类物质参数问题

[复制链接 Copy URL]

33

帖子

0

威望

67

eV
积分
100

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
我用gromacs中自带的opls_aa力场参数算的甲酯类物质,含碳数少的结果比较精确,但是写到C17的甲酯时误差很大,而且拓扑都是按照一个模式写的,mdp文件也是用的一样的,为什么结果会有这么大的差距呢,而且有的时候同一种物质,在300k的时候结果还行,到了400k就不行了。搞得很纳闷

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2017-11-30 14:23:27 | 只看该作者 Only view this author
400K结果不好很正常,常用力场适用的理想温度范围达不到那么高
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

33

帖子

0

威望

67

eV
积分
100

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-30 15:25:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-30 14:23
400K结果不好很正常,常用力场适用的理想温度范围达不到那么高

哦哦,那理想的温度范围是多少

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2017-11-30 15:52:26 | 只看该作者 Only view this author
zdy 发表于 2017-11-30 15:25
哦哦,那理想的温度范围是多少


大多数力场都是适合常温下的模拟,偏离几十度还行,差太多就不能指望结果有多理想了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

33

帖子

0

威望

67

eV
积分
100

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-30 20:19:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-30 15:52
大多数力场都是适合常温下的模拟,偏离几十度还行,差太多就不能指望结果有多理想了

哦哦,原理啊是这样的啊

33

帖子

0

威望

67

eV
积分
100

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-30 20:28:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-30 15:52
大多数力场都是适合常温下的模拟,偏离几十度还行,差太多就不能指望结果有多理想了

我感觉这个软件算的随机性特别大,我有的时候算了373k的结果还挺好,然后用相同的结构和mdp再运行323k时就不太好,而且有的时候算的速度快了也不准,算的慢的有时结果还可以。感觉这个东西怎么跟电脑计算的速度还有关系呢

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2017-11-30 20:55:39 | 只看该作者 Only view this author
zdy 发表于 2017-11-30 20:28
我感觉这个软件算的随机性特别大,我有的时候算了373k的结果还挺好,然后用相同的结构和mdp再运行323k时 ...


跟电脑速度没关系,MD本身有混沌效应所致,参看
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

对于模拟均相性质,跑的时间越长,采样帧数越多,得到的结果统计误差越小,重现性越高。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

33

帖子

0

威望

67

eV
积分
100

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-1 10:55:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-30 20:55
跟电脑速度没关系,MD本身有混沌效应所致,参看
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://soberev ...

那出现这种情况只能通过加长计算时间,多采样,来解决吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2017-12-1 12:50:05 | 只看该作者 Only view this author
zdy 发表于 2017-12-1 10:55
那出现这种情况只能通过加长计算时间,多采样,来解决吗?

是的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 19:36 , Processed in 0.150905 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list