分子动力学建盒子问题

16whzhengdn · 发表于 Post on 2017-9-25 20:31:38

看了好多文献，分子动力学建盒子时，大都选择256个原子或256对分子，也有少数用512，我查了很久得不到原因，想问下有没有人知道这个256数值是怎么来的，为什么这么多人都用呢？

abdoman · 发表于 Post on 2017-9-25 21:00:17

基本原则就是既要考虑bulk 的性质，又要控制计算资源。

如果单元数目太多，计算太耗时。太少，就算有周期边界条件，也无法达到凝聚态的性质。
比如密度，蒸发焓等等。

你不太确定，就比较128， 256， 512, 1024，看看密度什么的，与实验值的差别。

16whzhengdn · 发表于 Post on 2017-9-26 10:42:19

abdoman 发表于 2017-9-25 21:00
基本原则就是既要考虑bulk 的性质，又要控制计算资源。

如果单元数目太多，计算太耗时。太少，就算有周 ...

计算资源成本这些问题我们做计算的都懂的，只是文章投稿的时，我们已经写的很明白，可是审稿人还问为什么选择256对，想来问问这个数值有没有文献参考，是想用来回答审稿人的。

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-27 12:16:00

16whzhengdn 发表于 2017-9-26 10:42
计算资源成本这些问题我们做计算的都懂的，只是文章投稿的时，我们已经写的很明白，可是审稿人还问为什么 ...

最能让审稿人满意的回答就是，测试过，随数目增大，当256分子时数据已经充分收敛

16whzhengdn · 发表于 Post on 2017-9-28 10:51:52

sobereva 发表于 2017-9-27 12:16
最能让审稿人满意的回答就是，测试过，随数目增大，当256分子时数据已经充分收敛

谢谢Sob老师

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[综合交流] 分子动力学建盒子问题