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[VMD] 使用MS动力学后,对.xyz文件如何用VMD画出满足以下条件的图

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同种分子(共100个)中的两原子连线与z轴的夹角随该分子质心坐标的变化情况图

请老师指教,谢谢

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发表于 Post on 2017-8-25 01:43:32 | 只看该作者 Only view this author
VMD没法直接画,必须自己写tcl计算脚本,得到相应的数据,导出来放到诸如origin里画
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-25 11:25:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-25 01:43
VMD没法直接画,必须自己写tcl计算脚本,得到相应的数据,导出来放到诸如origin里画


sob老师,是不是可以将原子的坐标提取出来导入在excel中,然后求夹角和对应质心坐标间的关系,再借助origin来做布居图。我看有篇文献做的类似的图,原文表述:The populations as a function of the AC centroid position projected to the z-axis and the cosine of the orientation angle q were calculated。图中右侧的彩色轴是popupation,

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发表于 Post on 2017-8-25 14:00:40 | 只看该作者 Only view this author
yeahhanpei 发表于 2017-8-25 11:25
sob老师,是不是可以将原子的坐标提取出来导入在excel中,然后求夹角和对应质心坐标间的关系,再借助or ...

看不到图,注意看置顶的新人必读,里面写了怎么贴图。
用excel太麻烦,写个tcl脚本干这个很简单
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-25 14:42:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-25 14:00
看不到图,注意看置顶的新人必读,里面写了怎么贴图。
用excel太麻烦,写个tcl脚本干这个很简单

抱歉Sob老师,图是这样的

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发表于 Post on 2017-8-25 14:58:08 | 只看该作者 Only view this author
yeahhanpei 发表于 2017-8-25 14:42
抱歉Sob老师,图是这样的


还是应当自己写tcl脚本,没有更简单的方法。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-25 15:49:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-25 14:58
还是应当自己写tcl脚本,没有更简单的方法。

好吧,谢谢sob老师

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