如何表征一堆原子的共面性

ggdh · 发表于 Post on 2017-7-3 07:57:06

现在有一堆原子，跑了一个轨迹以后，我想表征这些原子的的共面性（是否处于一个平面内）。请问有什么方法。
目前想到的一个方法，不知道是否可行：
做多元线性回归，回归方程为z=a+b*x+c*y
然后通过residual sum of squares (RSS)来表征共面性。

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-3 08:02:02

这就是挺好的方法

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-7-3 10:27:03

感觉应该将RSS除以参与平面的原子数，否则这个指标会有原子数越多“平面性越差”的问题

ggdh · 发表于 Post on 2017-7-3 16:33:41

liyuanhe211 发表于 2017-7-3 10:27
感觉应该将RSS除以参与平面的原子数，否则这个指标会有原子数越多“平面性越差”的问题

感谢提醒我研究了一下
你说的就是MSE，mean squared error
这样的话RMSE(D)也可以了
不过我觉得用RSE，Residual standard error 可能更合理了
在原子数一样的情况下上面的指标应该都可以，
不过RMSD估计接受度最高，因为大家都爱用。

get-it · 发表于 Post on 2017-8-5 23:45:06

可以用PCA吧，把三维的数据投影到二维，再计算投影后的协方差矩阵

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[综合交流] 如何表征一堆原子的共面性