气体体系压缩系数设置问题

Alichuanyan · 发表于 Post on 2017-9-4 10:19:48

求问若是气体体系，设定压力时压缩系数该如何算?设定压力太高时有许多LINCS warning，实在不知是哪里出了问题

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-4 11:04:15

气体体系一般都是NVT，用不着设这个。气体可压缩系数很高，NPT可能造成盒子极大波动而出问题

Alichuanyan · 发表于 Post on 2017-9-5 08:16:14

sobereva 发表于 2017-9-4 11:04
气体体系一般都是NVT，用不着设这个。气体可压缩系数很高，NPT可能造成盒子极大波动而出问题

老师，我是要计算恒温恒压下混合气体的密度和溶解度，用NVT体系是不是不可以的？另外我想如果设置的耦合参数大一些使压力耦合速度变慢会不会好一些？另外，老师，如果要想知道一种气体在液体中的溶解度数值，是不是可以通过density 命令统计下密度在Z方向的变化，用液体的体积乘液相的密度算出液相的质量，再用液相的质量减去溶剂的质量得到溶解在溶剂中的气体的质量。老师，你觉得这样可行吗？

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-5 11:10:19

Alichuanyan 发表于 2017-9-5 08:16
老师，我是要计算恒温恒压下混合气体的密度和溶解度，用NVT体系是不是不可以的？另外我想如果设置的耦合 ...

可以NVT。
可以试试压力耦合变慢点，但应当先确保NVT下能正常跑没问题
溶解度模拟先看看其它人怎么做的，搜搜文献

Alichuanyan · 发表于 Post on 2017-9-6 08:44:56

好的，谢谢老师

Alichuanyan · 发表于 Post on 2017-9-6 10:39:05

另外，老师，(1)采用nvt模拟可以模拟成功。但用 energy命令的时候没有density选项，不知是否正常还是出了什么问题。(2) 用nvt模拟得到的平均压力与平衡压力相差很大，如果我要记录压力值的话，是不是应该取压力达到平稳之后那段区间的平均值？（3）用nvt 模拟之后采用npt 模拟，结果还是没能成功。mdp文件中控压采用PR压浴。压缩系数为水的压缩系数。耦合参数为4. （4）如果不用npt 模拟的话，直接用nvt模拟的数据，我需要记录的数据有温度，压力，密度和粘度数据。那么如果进行下一个条件下的模拟的话，我是不是需要增加体系的粒子数来调节压力？

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