ABF中pmf拉的距离?

xiaochenxi123 · 发表于 Post on 2017-5-10 11:21:37

老师您好：
在namd中计算四磺酸基苯基铁卟啉与环糊精的pmf，首先四磺酸基苯基铁卟啉与环糊精相距一定位置，比方说以环糊精质心为中心原点（0 0 0），铁卟啉的磺酸基的S原子距离环糊精z轴-4A，然后拉铁卟啉的磺酸基的S原子进入环糊精空腔，在跑动力学时它的配置文件中cutoff值是14，那拉S原子从-4开始拉入环糊精到4A，那是不是还要从-4A往后推算倒-14A，整个距离是-14A到4A，-4A到4A是拉进去的，-4A到-14A是往后拉，就是从-4到-6，-6到-8，-8到-10，-10到-12，-12到-14，这样可以吗，导师说ABF都是拉进去的，没有往后退的，所以问问老师您，谢谢

ruanyang · 发表于 Post on 2017-5-10 12:53:03

A Tutorial on Adaptive Biasing Force Calculations in NAMD
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

这个教程你做过吗？如果做过的话，你就能理解了

或者是这个教程

Methods for calculating Potentials of Mean Force
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

xiaochenxi123 · 发表于 Post on 2017-5-10 16:06:03

本帖最后由 xiaochenxi123 于 2017-5-10 16:08 编辑

错了

xiaochenxi123 · 发表于 Post on 2017-5-10 16:07:59

ruanyang 发表于 2017-5-10 12:53
A Tutorial on Adaptive Biasing Force Calculations in NAMD
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials ...

老师，这些教程中 lowerboundary -180.0 upperboundary 180.0，width 1.0 是直接从-180拉到180，但是像铁卟啉与环糊精如果从-14到4，计算时铁卟啉进不到环糊精空腔的，铁卟啉会跑偏的，所以采用了上述方法

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[NAMD] ABF中pmf拉的距离?

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