关于多肽的优化和单点能中加入溶剂模型的问题

zzz111zzz

请教各位老师关于多肽的优化和单点能计算问题：我做的多肽是某种酶的抑制剂，在水溶液中反应（pH略微小于7），那么做多肽的多肽的优化和单点能计算时候：①是否必须要加溶剂模型scrf=(SMD,solvent=water)；②加了溶剂模型，输入的多肽初始结构是否需要氨基端带正电（NH3+）羧基端带负电（COO-），整体电中性；③如果没加溶剂模型，输入的多肽结构是氨基端不带电（NH2）羧基端不带电（COOH），整体电中性吗？最近看文献有点疑惑，因为觉得溶剂模型需要加，但是看别人发的文章很多多肽算完优化和单点能展示出来的结构都是氨基和羧基端不带电的，不知道是不是自己理解上哪一步是不是有问题

dzhen1

1.溶剂模型算力足够的话，能加就加，而且最好优化的时候用高斯默认的PCM模型，计算单点的时候用SMD 2. 我认为多肽是否画成兼性离子模式需要看你多肽的长度，如果氨基酸残基的数目很多，我认为不影响结构优化结果。3.需要检查下多肽上的氨基酸残基（特别是极性氨基酸残基如his）的侧链是否带电，没有就是电中性。
个人觉得如何处理多肽结构，看你需要用多肽的结构做什么。算静电势我觉得影响不大，未来用于作为分子对接的配体，那就需要带电荷了吧。

zzz111zzz

dzhen1 发表于 2025-8-18 17:03
1.溶剂模型算力足够的话，能加就加，而且最好优化的时候用高斯默认的PCM模型，计算单点的时候用SMD 2. 我认 ...

谢谢您耐心细致的回答。我还有一点点疑问：考虑溶剂模型和多肽输入的初始结构之间的关系是因为在水溶液中，多肽实际上是氨基带正电羧基带负电的，所以加了溶剂模型是否就最好把多肽处理为符合实际情况的氨基带正电羧基带负电呢？