sobtop生成COF体系的gromacs的itp时，会警告说原子类型错误

。。。 · 发表于 Post on yesterday 10:21

各位老师好，我最近计算一个COF体系，然后使用sobtop来生成itp和top文件，但是会警告“Warning: atom type of N6 (ne) and C9 (ce) may be wrong.”，提示说N以及和该N相连的C可能错误，我查看LJ_param中ne和ce的定义，感觉是符合我的体系的，所以我忽略了这个警告，但是在跑完100ns的NPT后，6层COF每一层的扭曲程度会比较大。想请教各位老师为什么会发生这种现象，是我哪里操作有问题吗

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sobereva · 发表于 Post on 6 hour ago

你的体系里有一堆离散的HgCl2，没法直接用sobtop产生拓扑文件。并且当前的盒子信息完全是随意的，无论哪个方向都不满足周期性，本来是周期性的体系当成孤立体系模拟不变形才怪。

仔细看sobtop主页上MOF的例子（http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex10）和相关讨论

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[Sobtop] sobtop生成COF体系的gromacs的itp时，会警告说原子类型错误

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