nvt平衡成功，但是运行就停止

moiraaa · 发表于 Post on 前天 16:27

能量最小化已经成功了，没有报错和警告，nvt平衡时也是这样，但是到了mdrun 时就停止了，我是把原来的2fs的步长改成了1fs，跑到了23步，不然之前只是跑了1步
后来我把约束改成了SHAKE，依然是停止（还是1fs）

停止是step 16: One or more water molecules can not be settled.Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.Wrote pdb files with previous and current coordinates
我的体系是水凝胶和MB，5个水凝胶和20个MB，9nm的盒子，都是用gromacs生成是，两个分子的itp文件是用autoff生成的，力场是oplsaa的，用了resp电荷

方方方 · 发表于 Post on 前天 18:50

报错很明显，扭转角度过大，要不试试用更小的时间步长，要不就是把结构弄更松一些

student0618 · 发表于 Post on 前天 20:15

看轨迹是哪个分子先出问题。

sobereva · 发表于 Post on yesterday 06:13

老生常谈的问题，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

并且推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF力场的拓扑文件

RESP电荷是给AMBER/GAFF用的，根本不该结合OPLS-AA

13277552957 · 发表于 Post on yesterday 16:19

遇到过类似问题，一般都是小分子结构优化没做好导致的。小分子内能量过高，需要先确保小分子结构正确

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[GROMACS] nvt平衡成功，但是运行就停止

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