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[GROMACS] 求助利用gromacs计算红外光谱过程中让gro文件里速度乘电荷值的方法

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楼主
请教各位老师,我参考李老师教程“使用gromacs计算红外光谱”中遇到了一些问题。卡在了教程中这一步“首先将不易读写的trr文件转换为容易读写的gro文件, 然后将其中的速度乘上前面得到的电荷值, 得到新的gro文件, 再将替换后的gro文件转换为trr文件.”关于如何让速度乘电荷值这个问题有些无从下手,也在网上也找了很多资料都不是很明确,请公社老师们指点一下,谢谢

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发表于 Post on 2025-4-11 01:48:07 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “利用gromacs计算红外光谱” 改了,以后务必注意!
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-4-11 01:51:25 | 只看该作者 Only view this author
我没看过你说的文章。VMD里直接就有得到红外光谱的插件Analysis - IR spectra calculation,用不着折腾

单纯就事论事说你的问题,自己写程序,读取gro里的原子信息和坐标、读取电荷,相乘后输出新的gro文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 09:19:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-11 01:48
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的,sob老师。下次注意

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 09:20:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-11 01:51
我没看过你说的文章。VMD里直接就有得到红外光谱的插件Analysis - IR spectra calculation,用不着折腾

...

好的,谢谢sob老师

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