如何gmx 中使用resp 电荷？

xpyp

请问，用acpype处理小分子采用gaff力场时，如何获得采用resp电荷的  lig.itp 文件？

sobereva

acpype没法直接产生RESP电荷，你需要用antechamber或其它工具（如R.E.D.）算出RESP电荷，然后手动把itp文件里的电荷替换

2019-May-15补充：用ambertools计算RESP电荷的做法已经完全过时，目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速和方便，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

xpyp

sobereva 发表于 2017-7-25 00:35
acpype没法直接产生RESP电荷，你需要用antechamber或其它工具（如R.E.D.）算出RESP电荷，然后手动把itp文件 ...

用 acpype产生的配体的 itp 文件, 部分内容如下：
[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
ca       ca          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
。。。。

[ moleculetype ]
;name            nrexcl
lig                 3

[ atoms ]
;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
     1   ca     1   KP1    C1    1    -0.233300     12.01000 ; qtot -0.233
     2   ca     1   KP1    C2    2    0.586201     12.01000 ; qtot 0.353
。。。。

更改为resp电荷时， 是否只需更改 〔atoms] 下的 charge 这一列，其它都不变呢？

sobereva

xpyp 发表于 2017-7-25 23:14
用 acpype产生的配体的 itp 文件, 部分内容如下：
[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     char ...

是

xpyp

谢谢