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[GROMACS] 分子动力学模拟时用了高配置的GPU电脑,跑的时间还是很长该怎么办呀?

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楼主
分子动力学模拟时使用了1N5X蛋白的A链,与肽做分子动力学模拟,
我用了高配置的GPU电脑(平时跑小一点的蛋白100 ns只需要3天),但是我跑这个蛋白的时候时间很长,100 ns需要快两个星期,想问一下这种情况有缩短时间的办法吗?因为我比较着急想要数据结果。

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发表于 Post on 2025-3-27 20:23:35 | 只看该作者 Only view this author
用更好的机子
减小体系原子数,如更小的盒子
确保mdp参数得当,如rvdw没有无必要地过大
确保运行方式得当,没有浪费GPU性能(如CPU拖后腿、用的Windows版、用的gromacs很老版本等)
粗粒化


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-27 22:22:54 | 只看该作者 Only view this author
下载了下1N5X.pdb,按照两边留2 nm是3930 nm^3,填满水大概40万原子。
根据多个平台的调优经验,使用3080,充分调优下,一天能刷到2000万原子纳秒,100 ns要2天左右,使用4090能够做到3500万原子纳秒,1天左右。使用市面上比较划算的计算平台,单体系100 ns的算力成本大概40-60元。

充分调优指:1.0 nm左右cutoff,做到-update/pme/nb/bonded gpu,2 fs步长,GPU综合利用率80%以上。
自在飞花轻似梦,无边丝雨细如愁。

全自动反应动力学(ReaxFF、AIMD、NEP等)后处理工具网页版:http://cc-portal.xyz/reax_tools

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-31 16:54:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-27 20:23
用更好的机子
减小体系原子数,如更小的盒子
确保mdp参数得当,如rvdw没有无必要地过大

sob老师,我用的是1 nm3的盒子,因为我的蛋白残基有1000多个氨基酸,请问老师盒子缩小到多少合适呢?我使用的是2020版本的GROMACS,请问老师需要换成最新的版本吗?

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发表于 Post on 2025-3-31 17:32:05 | 只看该作者 Only view this author
刘梦琪 发表于 2025-3-31 16:54
sob老师,我用的是1 nm3的盒子,因为我的蛋白残基有1000多个氨基酸,请问老师盒子缩小到多少合适呢?我使 ...

每边各留1nm

用至少2023版
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