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[GROMACS] 算两类分子的分子间作用力,选LJ-(SR),但是出来的结果不对,数大的很离谱

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算两类分子的分子间作用力,选LJ-(SR),但是出来的结果不对,数大的很离谱。求问各位大佬是哪里的问题?

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发表于 Post on 2025-4-12 01:32:03 | 只看该作者 Only view this author
7明明是体系总的LJ作用势能,而不是两类分子间的
分清楚作用力和作用能,看下文第12部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-12 09:28:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-12 01:32
7明明是体系总的LJ作用势能,而不是两类分子间的
分清楚作用力和作用能,看下文第12部分
计算化学中的一 ...

谢谢老师,我想问一下两类分子间的相互作用应该怎么算,谢谢!

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发表于 Post on 2025-4-12 10:11:03 | 只看该作者 Only view this author
horno 发表于 2025-4-12 09:28
谢谢老师,我想问一下两类分子间的相互作用应该怎么算,谢谢!

mdp里定义能量组,然后对已有的轨迹做rerun,再从edr里提取
论坛首页全文搜索框搜过往的相关讨论,回答过无数次
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-12 13:33:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-12 10:11
mdp里定义能量组,然后对已有的轨迹做rerun,再从edr里提取
论坛首页全文搜索框搜过往的相关讨论,回答 ...



我给他重新做了一下,想请教一下这些参数哪个可以表示相互作用啊,谢谢!

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发表于 Post on 2025-4-13 01:09:29 | 只看该作者 Only view this author
horno 发表于 2025-4-12 13:33
我给他重新做了一下,想请教一下这些参数哪个可以表示相互作用啊,谢谢!

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)的幻灯片:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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