[GROMACS] GPCR模拟中是否要去除G蛋白

jlzhang2001

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发表于 Post on 2025-3-18 20:39:16 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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我的体系是gpcr中的b1类蛋白--GLP-1R，代码为7s1m（由glp-1r，G蛋白，NB35，激动剂构成），现在我想模拟他从激活态到非激活态的构象转变过程，目前已知需要去除激动剂，NB35，但是有一个问题是不知道是否要去除G蛋白，因为有的文献说G蛋白会稳定中间构象，也有的说会稳定激活态，现在我该去除还是保留他呢，谢谢各位大佬好心人

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