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[综合交流] 分子模拟 有偿求助

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本帖最后由 007 于 2017-3-1 19:32 编辑

各位大侠 本人现有一个酶参与的化学反应 想要用分子模拟手段说明其反应机理 不知哪位能够帮忙 本人并非此专业 跨学科需要 不胜感激!  qq 254799975   微信qyf625007

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发表于 Post on 2017-3-1 19:44:01 | 只看该作者 Only view this author
这个的做法应该是QM/MM模型下的TS搜索,难度不小。。。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-1 20:30:20 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2017-3-1 19:44
这个的做法应该是QM/MM模型下的TS搜索,难度不小。。。

能够简要说明即可

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发表于 Post on 2017-3-2 05:57:12 | 只看该作者 Only view this author
没有更多的信息,搞计算的人很难知道问题的深浅以及是否应付得来。很多实验上难搞的,计算上很简单,而有些实验上看起来不难的,计算上则很困难。
当前这个问题,哪怕是能做到简要说明,都不一定是件容易事。

虽然我没时间弄,不过一般来说,这种问题用Gaussian靠ONIOM,找找过渡态、极小点就可以。不过找过渡态并非易事,很可能折腾半天也找不到能说明问题的过渡态。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-2 12:53:27 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师  我看到一篇论文 有相似之处  先对酶的氨基酸序列进行预测 再对序列进行空间模拟 分子对接技术研究酶的活性中心 最后推导机理   不知道这些步骤是否容易完成 ?  有例子 是否能够模仿一下?

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发表于 Post on 2017-3-2 14:04:25 | 只看该作者 Only view this author
007 发表于 2017-3-2 12:53
谢谢sob老师  我看到一篇论文 有相似之处  先对酶的氨基酸序列进行预测 再对序列进行空间模拟 分子对接技术 ...

以上每一步都会引入不确定因素,到头来能不能说明问题很难讲
如果你要研究的很接近可以效仿搞搞
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-2 18:18:59 | 只看该作者 Only view this author
求各位大侠帮助 以上所说 是我找到的例子 如果能模仿其中的两三步 也许我就可以用上 希望有思路的大侠帮忙!可以加我以上的联系方式,必有酬谢!十分感谢!

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