求助利用lammps中colvars计算电解液中离子与水分子的pmf值

Jasmine123

我想计算电解液中离子与水分子之间的pmf值，于是将所有离子定义为group1，所有水分子定义为group2，利用fix colvars命令来计算，以下是我的colvars配置文件和得到的out.pmf以及out.czar.pmf输出结果，向各位大佬提问：1、这两个输出结果哪个算作pmf值
                                2、out.czar.pmf前一段均为0，后续数值也几乎处于不变的状态，这是为什么，应该怎么调整
                                3、如果out.pmf可以作为pmf结果，为什么只有一个低峰，这与多数文献中的分布情况不同，这是什么原因导致的
                                4、应该怎样设置正确的参数或者有没有推荐的可以学习的文章  谢谢各位大佬

colvarsTrajFrequency    100
colvarsRestartFrequency 1000
units real
indexfile myindex.ndx
colvar {
   name distance
   width 0.5
   lowerboundary 0
   upperboundary 15
   extendedlagrangian   on
   extendedFluctuation  0.5
   extendedTimeConstant   200
   extendedTemp  300
   distance {
      group1 { indexGroup groupV1 }
      group2 { indexGroup groupwater }
     }
}

harmonic {
  colvars distance
  forceConstant 10.0
  centers 2.0         # initial distance
  targetCenters 10.0  # final distance
  targetNumSteps 500000
}

abf {
colvars distance
fullSamples 50000
historyfreq  1000
writeCZARwindowFile
}