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[GROMACS] 求助:什么原因导致CO2超过一半吸附在石英壁面上,以及辛烷分子团聚不扩散

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最近在研究表面活性剂对CO2与辛烷的混相压力的影响,1520个CO2分子和760个辛烷分子在石英纳米狭缝中,CO2、辛烷分子是直接在gauss里面构建然后sobtop生成的itp和top、石英quartz是用ms构建,使用sobtop例9的方法生成的itp和top,跑了一个10ns的nvt系统,结果如下:想知道为什么CO2大部分都吸附在石英壁面并且油分子都没有动?








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发表于 Post on 2024-12-31 21:20:30 | 只看该作者 Only view this author
CO2要用专门的力场,注意看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

如果你确实观测到了“油分子都没有动”,把油部分作为一个单独的控温组
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-7 20:21:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sssyyuan 于 2025-1-8 20:17 编辑
sobereva 发表于 2024-12-31 21:20
CO2要用专门的力场,注意看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

如果你确实观测到了“油分子都没有 ...

谢谢sober老师的回答,我试了您的方法,现在油分子可以动起来了,但是由于周期边界,油分子会从另外一边进入油分子,然后2022版本的,不能对一个方向使用非周期,我就想在一边加一个金板挡住,但是能量最小化的时候出现了以下提示。金板是用vmd生成的34440个atoms就是石英壁面,想问一下sober老师  这是什么原因


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